blastn跑完后的结果的那一串数字、字母都代表什么？
（已查过百度，但是出来的都是执行blastn时那些代码dai'biao's'm
blastn跑完后的结果的那一串数字、字母都代表什么。
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Pipiminidou 2021-10-14 17:37关注你blastn的结果出来的应该是outfmt #6, 从左到右代表的应该是:
qseqid: 查询序列的命名id
sseqid: 目标序列的命名id
pident: 匹配度的百分比
length: 查询序列和目标序列的匹配长度
mismatch: 错配的数目
gapopen: gap的数目
qstart: 查询序列开始位置
qend: 查询序列结束位置
sstart: 目标序列开始位置
send: 目标序列结束位置
evalue: 期望值
bitscore: bit得分评论 打赏解决 3无用举报 分享
- 2022-07-26 09:55回答 1 已采纳 不要使用科学计数法le-5表示double，直接用0.0005这样的小数表示。该框架不支持解析科学计数法描述的double数字
- 2021-01-17 19:27一围篱笆闲的博客 blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库...
- 2021-01-17 19:27橙小知的博客 此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程...
- 2021-01-17 19:27weixin_39743722的博客 如何看懂NCBI BLAST输出结果2010-11-13 10:38:11| 分类：生物信息分析| 标签：blast |字号大中小订阅本文转自：http://www.doczj.com/doc/72610480ec3a87c24028c477.html/bio/?p=1632写在解读报告之前的，首先就使用...
- 2021-06-03 08:04用于将 BLASTN 查询结果转换为 SAM 格式的工具。 BLASTN 支持的输出格式目前仅限于默认 (-outfmt 0) 和 Xml (-outfmt 5)。 此工具符合 SAM 文件格式规范 v1.4 ( ) 并通过 picard 1.124 ValidateSamFile 验证。 Jar ...
- 2021-01-26 17:22weixin_39727706的博客 4.10）blast比对输出的结果有哪些格式 4.11）在M8格式中共有多少列，每一列代表的是什么意思？ 4.12）E值的含义是什么？ 4.13）统计test.blast有多少条query序列 4.14）统计比对得分最低的query序列 4.15）将比对...
- 2021-02-27 09:40weixin_39753747的博客 一、建立索引formatdb -i ref.fna -p F -n ref.fna-p: T=proteinF=nucleotidedefault = T-n:重命名数据库文件的名称二、比对blastnblastall -p blastn -i query.fa -d ref.fna -e 1e-06 -m 8 -o output.fmt8.txt-m:...
- 2021-01-17 19:27理论编码带师的博客 1. 以input的reads为query，contigs(fa格式，... blastn使用参数如下：-db 数据库文件名前缀-query-out 输出文件名-outfmt-num_threads-evalue-num_alignments-word_size-dust-gapopen-gapextend-penalty-reward3....
- 2022-07-24 17:04不锈铁的博客 blast的结果详解
- 2023-01-31 10:49blastn使用说明书
- 2018-01-22 21:06飘羽的博客 megablast 都是BlastN，就是核酸序列比对核酸序列的算法。 简单而言 BlastN : 不那么灵敏，相似度较低的序列也可以查找到，所以比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。 ...
- 2021-05-09 01:53闲吟客的博客 -max_hsps 1 表示只输出一条比对结果，但是有时会输出三条？不懂为什么？ blastn -db /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome.fa -query $line -out $name.blastn.out -outfmt 7 -num_...
- 2019-04-09 17:59focus627的博客 解决方法： export PATH=/usr/local/ncbi/blast/bin:$PATH
- 2021-05-09 01:55少吃菜多吃肉的博客 8种机械键盘轴体对比本人程序员，要买一个写代码的键盘，请问红轴和茶轴怎么选？原本计划对几个亚洲棉基因进行blast比对寻找在陆地棉中的同源基因，但是服务器抽风了，导致计划被打乱，不过刚好也乘此机会学习和总结...
- 2022-10-06 10:45彼岸花128的博客 取5000条序列 步骤三：对提取10000条序列进行全NT库blastn比对 补充：staxid的scinames的关系信息 步骤四：对blastn结果进行统计 总结 NCBI的NT库比对——blastn NT库比对，包括对测序数据和组装后的基因组序列进行...
- 2021-05-09 01:55weixin_39888080的博客 Linux环境下通配符及特殊符号使用详解我们现在来介绍通配符的使用，通过通配符的过滤，快速找到想找的文件和目录，比如/etc/目录下有上千个目录和文件，不使用通配符想找一个目录和文件是非常麻烦的和花时间的。...
- 2021-09-26 19:06
- 2020-03-10 18:31卡西莫多的礼物的博客 blast是常用的比对软件，在linux系统下安装完成blast套件后，可以使用blastn进行核酸序列的比对，基本的使用模式为确定搜索的库，然后使用blastn对指定的序列在库中进行比对，如果想要自定义搜索库，需要使用...
- 2021-07-12 15:38biojs-vis-blast BLAST 结果的可视化入门安装模块： npm install biojs-vis-blast var biojsvisblast = require ( 'biojs-vis-blast' ) ;biojsvisblast . hello ( "biojs" ) ; // "hello biojs"文档.你好（名字） ...
- 2019-06-10 17:17weixin_30911809的博客 对于短序列比对，需要添加-task blastn-short参数，否则比对结果很不准确，绝大多数序列会出现比对不上的情况 转载于:https://www.cnblogs.com/0820LL/p/10998964.html...
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