qq_27867157 2015-05-02 02:01 采纳率: 0%
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想求教一下下面这个问题的程序运用哈希表应该怎么写

这个问题来自 DNA序列的k-mer index问题。
给定一个DNA序列,这个系列只含有4个字母ATCG,如 S =“CTGTACTGTAT”。给定一个整数值k,从S的第一个位置开始,取一连续k个字母的短串,称之为k-mer(如k= 5,则此短串为CTGTA), 然后从S的第二个位置, 取另一k-mer(如k= 5,则此短串为TGTAC),这样直至S的末端,就得一个集合,包含全部k-mer 。 如对序列S来说,所有5-mer为
{CTGTA,TGTAC,GTACT,TACTG,ACTGT,TGTAT}
通常这些k-mer需一种数据索引方法,可被后面的操作快速访问。例如,对5-mer来说,当查询CTGTA,通过这种数据索引方法,可返回其在DNA序列S中的位置为{1,6}。
问题
现在以文件形式给定 100万个 DNA序列,序列编号为1-1000000,每个基因序列长度为100 。
(1)要求对给定k, 给出并实现一种数据索引方法,可返回任意一个k-mer所在的DNA序列编号和相应序列中出现的位置。每次建立索引,只需支持一个k值即可,不需要支持全部k值。
(2)要求索引一旦建立,查询速度尽量快,所用内存尽量小。
(3)给出建立索引所用的计算复杂度,和空间复杂度分析。
(4)给出使用索引查询的计算复杂度,和空间复杂度分析。
(5)假设内存限制为8G,分析所设计索引方法所能支持的最大k值和相应数据查询效率。
(6)按重要性由高到低排列,将依据以下几点,来评价索引方法性能
索引查询速度
索引内存使用
8G内存下,所能支持的k值范围
建立索引时间

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  • threenewbee 2015-05-02 03:46
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