我用代码如下:
htseq-count -f bam -r pos -t gene -i gene $d $gtf --stranded=no >$d'.readscount.txt'
输入文件是mapping后的sam文件。
为什么只有一个个体有结果,其他3个个体出现了错误:
Error occured when processing SAM input (line 25452982 of file 1TR_2TL_3TRC_4TLC_5TL_6TR_8TR_9TL_10TL-POOL_R.sam):
Maximum alignment buffer size exceeded while pairing SAM alignments.
[Exception type: ValueError, raised in init.py:671]
这是什么原因呢?有结果的个体sam文件大小48G,其他三个个体是30G、51G、51G