各位大佬好,这里是qiime2 萌新小白提问,望各位大佬多多指教。
背景:16S测序,公司返回已切除barcode及引物的双端数据(Miseq测序得到的是PE300双端序列数据),现需要在qiime2里 import data
数据格式:
我自己制作的manifest文件:
注:data是我存放测序数据的文件夹
代码:
qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path se-33-manifest.csv \
--output-path paired-end-demux.qza \
--source-format PairedEndFastqManifestPhred33
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多谢指导!!