跑WGCNA时blockwiseModules函数报错

Question

问题遇到的现象和发生背景 跑WGCNA时出现，blockwiseModules函数报错

Warning message:

executing %dopar% sequentially: no parallel backend registered
[1] NA
[1] NA
null device
1
Calculating module eigengenes block-wise from all genes
Error in if ((power < 1) | (power > 30)) stop("power must be between 1 and 30.") :
missing value where TRUE/FALSE needed
Calls: blockwiseModules
Execution halted 出现这样的报错

用代码块功能插入代码，请勿粘贴截图。 不用代码块回答率下降 50%

运行结果及详细报错内容

我的解答思路和尝试过的方法，不写自己思路的，回答率下降 60%

我想要达到的结果，如果你需要快速回答，请尝试 “付费悬赏”

Answer 1

这个错误是在使用WGCNA中的blockwiseModules函数时发生的。这个函数是用来计算基因组聚类的模块的。

在遇到这个错误之前，可能已经通过调用WGCNA中的其他函数来建立了基因相似性矩阵或基因网络。然后调用了blockwiseModules函数来计算基因组聚类模块。

在这个函数中，有一个参数叫做power，它用来指定用来计算基因模块的距离度量。这个参数必须在1到30之间。遇到的错误是因为输入的power参数值缺失了，导致了在if语句中的判断出现缺失值的错误。

为了解决这个问题，需要检查调用blockwiseModules函数时传递的参数，确保已经输入了合法的power参数值。

如果在调用blockwiseModules函数时遇到了其他错误，可以试试以下方法来解决问题：

1、确保已经加载了WGCNA包并且在调用函数之前已经正确的初始化了WGCNA环境。

2、检查输入数据是否合法。例如确保传递给函数的基因相似性矩阵是正确的，并且已经被正确地转换成矩阵格式。

3、检查输入数据的大小是否合适。例如确保基因相似性矩阵的行数和列数是相同的，并且数据集足够大，可以被分成足够多的模块。

4、可以试试调整其他的函数参数，看看是否有更优的参数设置。例如可以试试调整TOMType参数的值，看看是否能够得到更好的模块划分。

5、如果使用了并行计算，确保并行环境已经正确地设置并且可以正常使用。如果在调用blockwiseModules函数时看到了"no parallel backend registered"的警告消息，这可能是因为并行环境没有正确设置导致的。
望采纳。