关于#r语言#的问题：想用r做wgcna分析，如果通过更改minmodulesize和mergecutheight得到更少的基因模块

Question

想用r做wgcna分析，有4w多个基因，结果分出来70多个模块太多了，如果通过更改minmodulesize和mergecutheight得到更少的基因模块，是不是会不够准确，那应该怎么处理呢，求指点

net = blockwiseModules(datExpr,power= 6,     # 表达矩阵，软阈值
                        TOMType ="unsigned", minModuleSize = 30,    # 数据为无符号类型，最小模块大小为30
                        reassignThreshold = 0, mergeCutHeight = 0.25,    #mergeCutHeight合并模块的阈值，越大模块越少
                        numericLabels = TRUE, pamRespectsDendro = FALSE,
                        saveTOMs = TRUE,
                        saveTOMFileBase ="femaleMouseTOM",
                        verbose = 3)

Answer 1

“Devil组”引证GPT后的撰写：

• 在进行WGCNA分析时，确实可以通过更改参数minModuleSize和mergeCutHeight来调整分析结果中的模块数量，但是需要注意的是，这样可能会影响分析结果的准确性和可靠性。如果通过调整这些参数得到的模块数量过少，那么这些模块可能会过于大而不够细致，可能会导致遗漏一些具有生物学意义的小模块。如果通过调整这些参数得到的模块数量过多，那么这些模块可能会过于细致而导致过拟合。因此，我们需要综合考虑分析的目的、数据的质量、研究问题等因素来确定合适的参数值。

如果认为分析结果中模块数量太多，您可以尝试以下方法来进一步处理：

• 聚合模块：使用hierarchical clustering将相似模块合并成一个更大的模块。这样可以减少模块数量并获得更具有生物学意义的模块。

• 去除一些不相关的基因：如果您认为模块数量太多，可以尝试去除一些与研究问题不相关的基因，从而减少模块数量。

• 重新定义minModuleSize和mergeCutHeight：可以通过尝试不同的minModuleSize和mergeCutHeight值来获得更好的结果。建议您在调整这些参数时，同时检查每个模块的内部连通性和生物学意义。

• 调整power：可以尝试使用不同的power值来构建co-expression网络，从而获得更少但更具有生物学意义的模块。

• 总之，WGCNA分析是一个复杂的过程，需要根据具体问题和数据进行合理的参数选择和分析策略。建议您仔细检查分析结果，并结合其他生物学信息来解释分析结果。