如何进行Java的混淆与加密？Tomcat如何调用混淆和加密后的JAR和Java类文件？

由于公司的Java商用程序需要部署在第三方平台，我们需要对Java商用程序进行混淆
和加密。混淆我们想采用ProGuard的解决方案对JAR和Java类文件进行混淆，加密我们
采用JCE加密方案。

我们的开发环境是：
OS: Ubuntu
Web APP: Apache Tomcat
Java编译: Apache Maven

因我们之前没有做过这方面的研究，所以请教各位提供详细的实施和部署操作！

同时还有两个问题请教各位：
1、JAR和Java类文件混淆后Tomcat如何调用？
2、JAR和Java类文件加密后Tomcat如何调用？

谢谢！