Class__i
2016-10-31 15:35
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小白求shell自动化脚本

生物小白来学编程,求shell脚本:现在有这样一个流程:

hisat2 -p 8 --dta -x ~/chrX_data/indexes/chrX_tran -1 ~/chrX_data/samples/ERR188044_chrX_1.fastq.gz -2 ~/chrX_data/samples/ERR188044_chrX_2.fastq.gz -S ERR188044_chrX.sam
samtools sort -@ 8 -o ERR188044_chrX.bam ERR188044_chrX.sam
stringtie -p 8 -G ~/chrX_data/genes/chrX.gtf -o ERR188044_chrX.gtf -l ERR188044 ERR188044_chrX.bam
stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ./ballgown/ERR188044/ERR188044_chrX.gtf ./bam/ERR188044_chrX.bam

求代码 能够实现我输入两个输入文件ERR188044_chrX_1.fastq.gz和 ERR188044_chrX_2.fastq.gz 就能实现下面的流程,而不用我一个一个输入命令。感谢!

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2条回答 默认 最新

  • chunyuan314 2016-11-01 05:57
    最佳回答

    创建一个文件run.sh,输入以下内容,保存.
    #!/bin/sh

    hisat2 -p 8 --dta -x ~/chrX_data/indexes/chrX_tran -1 ~/chrX_data/samples/$1 -2 ~/chrX_data/samples/$2 -S ERR188044_chrX.sam
    samtools sort -@ 8 -o ERR188044_chrX.bam ERR188044_chrX.sam
    stringtie -p 8 -G ~/chrX_data/genes/chrX.gtf -o ERR188044_chrX.gtf -l ERR188044 ERR188044_chrX.bam
    stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ./ballgown/ERR188044/ERR188044_chrX.gtf ./bam/ERR188044_chrX.bam

    然后执行命令: chmod +x run.sh
    使用时: ./run.sh ERR188044_chrX_1.fastq.gz ERR188044_chrX_2.fastq.gz

    说明:代码中的$1,$2是位置参数。当然可以用getopt方法获取选项参数

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    解决 无用
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