有两个文件，一个文件sam是一列read值id号；另外一个是一份fastq文件。
想要写一段脚本（python或者perl都可以） 。根据文件sam中的id号，从
fastq文件中提取出相应得read值（完整的read）写在另外一个新文件上
python 处理fastq文件
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- 2022-12-24 22:13回答 3 已采纳 1、警告信息 "Unable to find gene identifier for a feature" 表示 Subread 在处理 GTF 文件时无法找到 gene_id 属性，也就是说你使用的
- 2019-03-08 20:07回答 2 已采纳  ``` ```
- 2016-10-31 15:35回答 2 已采纳 创建一个文件run.sh，输入以下内容，保存. #!/bin/sh hisat2 -p 8 --dta -x ~/chrX_data/indexes/chrX_tran -1 ~/chrX_d
- 2020-11-24 09:47weixin_39797780的博客 fastq-and-furious(... because it turned out that the performance bottleneck for an algorithm-focused implementation of bottom-sketches (MinHash sketches) was the parsing of FASTQ files). Efficient ha....
- 2014-02-05 06:32回答 1 已采纳 try this php code i thing it will useful for you $Info= array("Lib-1604_S1_L001_R1_001.fastq.gz",
- 2019-08-10 09:33从Python高效处理FASTQ文件
- 2021-06-04 17:29pyfastq 0.1 解析fastq文件和处理illumina 1.8+ fastq序列的简单python 2.7库创作时间：2015/04/02 最后更新 : 2015/04/02快速阅读器读取 fastq 文件并生成 FastqSeq 对象的迭代器的解析函数。 当文件为空时，生成器...
- 2022-08-22 16:58啥也不懂的生信人的博客 biopython 处理fastq文件优缺点 不使用biopython快速处理fastq文件，且不占用内存，处理速度快
- 2019-09-01 13:40UP小吴同学的博客 利用python脚本对fastq文件进行处理 首先读取fastq文件，由于该文件为压缩的二进制文件，调用gzip模块打开 其次，根据fastq文件格式特点，对文件进行分离处理，第一行为序列id信息，紧接着的三行与第一行为对应关系...
- 2021-05-14 16:52阿喵看海外的博客 2021/03/22这是一个小任务读取某个目录下的文件import osaim_dir = '/home/user/fastq_dir/'fastq_files = os.listdir(aim_dir)print(fastq_files)结果是一个列表，包括此目录下所有的文件的全称 及 文件扩展名(.txt...
- 2021-07-04 10:05Fq_delta 是一个 python 模块和 shell 脚本，可以存储由 DNA 和 RNA 测序技术生成的 fastq 文件的处理版本。 通过使用允许对两个字符串进行逐字符比较的 Myer diff 算法，我们从原始和编辑过的 fastq 文件生成增量...
- 2017-05-23 13:47niuhuihui_fei的博客 python 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列 FASTQ文件长度过滤
- 2021-08-10 12:40weixin_35945980的博客 fastq格式如下：@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:2458 1:N:0:CGATGTNAAGAACACGTTCGGTCACCTCAGCACACTTGTGAATGTCATGGGATCCAT'+'@#55???BBBBB?BA@DEEFFCFFHHFFCFFHHHHHHHFAE0ECFFD/AEH第一行是序列标识(read ID)...
- 2020-07-13 20:15wait fou you的博客 python：文件查询，统计fastq序列数、碱基数、GC%、MaxLength、MinLength 前面写了类似的上篇，用来处理一个样品的测序数据。这篇可以处理多个测序数据。 一、输入数据 tree rawdata rawdata ├── CON1_R1.fastq ...
- 2021-05-20 04:59pyhtslib-从Python访问HTS文件Python库... 写入文件[v0.6] CRAM支持[v0.5] 通过kseq.h库[v0.4]顺序执行FASTA和FASTQ v1.0路线图上的其他内容： 对Python 2的支持（许多Python生物信息学工具尚未迁移到Python 3）[v
- 2019-08-02 13:49UP小吴同学的博客 主要实现对fastq文件中...对fastq文件中的序列进行处理 1.获取序列的id和序列信息 2.统计每个id对应的序列的长度 3.对序列长度进行统计 """ import os import pandas as pd from collections import Counter impo...
- 2020-11-24 07:45weixin_39568597的博客 如果我完全按照您的要求进行操作(从每个序列中删除起始N),那么FASTQ file会处于不一致状态.FASTQ文件的每四行都保留前两行的序列的质量值.因此,如果从序列中删除第一个字符,则还需要从具有质量值的行中删除第一个...
- 2022-09-13 22:52μμ豆奶的博客 使用Python脚本读取fasta文件
- 2023-07-26 11:59xirongxu_dlut的博客 Python是一种常用的编程语言，生物信息学工具和软件的开发者经常使用Python编写脚本来处理Fastq文件。使用Python脚本打开Fastq文件可以允许我们执行高度定制的数据分析和处理。Fastq文件也可以使用文本编辑器来打开...
- 2021-03-06 15:23增智同学的博客 一、输入数据tree rawdatarawdata├── CON1_R1.fastq├── CON1_R2.fastq├── CON2_R1.fastq├── CON2_R2.fastq├── CON3_R1.fastq├── CON3_R2.fastq├── TREAT1_R1.fastq├── TREAT1_R2.f...
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