菜鸟求教，perl index函数操作时为什么只显示-1

Question

心累啊，要做primer和序列的比对，结果返回的result一直是-1，可是不应该是这个结果

Answer 1

以下回答参考 皆我百晓生、券券喵儿 等免费微信小程序相关内容作答，并由本人整理回复。

在Perl中，index()函数会查找一个字符串中的子串，并返回找到的子串的索引。如果子串不在字符串中，则返回undef或-1。

如果你的序列文件（SEQ.txt）中没有包含特定的primer，那么在进行index()运算时，如果没有找到与primer.txt匹配的primer，index()将会返回undef或-1。这是因为Perl默认是使用hash来存储数据的，当找不到匹配项时，它将返回undef或-1。

要解决这个问题，你可以检查序列文件中是否包含了你的primer：

# Check if primer is in the sequence file
my ($primer_in_seq, $primer_not_in_seq) = grep {
    $_ =~ m/$primer/;
} map { s/\bprimer\b/$_/ } <RE>;

这将返回布尔值$primer_in_seq和$primer_not_in_seq，分别表示primer是否存在于序列文件中以及不存在于序列文件中。