JavaSE程序关掉运行的CMD窗口后，偶尔后台还存在“幽灵线程”

写了一个javase的程序，大概功能是将xml文件从FTP上下载下来之后，解析xml中的内容，然后存入到数据库中。
偶尔会发生下面这种情况：
1、将xml文件下载下来之后无后续操作（指的是在CMD窗口中无任何后续日志或sql语句输出）。
2、将CMD窗口关掉之后，在后台进程中还存在java和javaw线程。
3、放在FTP上的xml文件还会被下载到本地。

Ps.保证本机只有一个用户并且无其他的java程序运行，保证无其他的FTP下载操作。

也就是说好像在后台存在一个该程序的“幽灵程序”，并且对CMD窗口运行的程序有影响。