python2.7 实现 DNA反向互补

想通过python2.7 写一段程序,实现 DNA反向互补,如下列字符串:由文本文档1.txt输入(由文档输入是关键)

ccccgtatcgccaagggcaaggtcatcatcggcaacggcggtgcagagttcggcgcccgtggctttgtgacggcgtatgacgctgaaacgggcaagatggactggcgcttcttcaccgttccgaaccctgacaacaagccggacggcgcagcgtctgacgacgtgctgatgtccaaggcttatccgacatggggcaagggcggcgcatggaagcagcagggcggtggcggaaccgtctgggattcgctgatctatgaccccgtaacggatcttgtttaccttggcgtcggcaacggctcaccctggaactacaagttccgctcggaaggaaaa

ntComplement = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}

返现互补后的结果输出到文档 1rv.txt

3个回答

 def DNA_complement(sequence):
    sequence = sequence.upper()
    sequence = sequence.replace('A', 't')
    sequence = sequence.replace('T', 'a')
    sequence = sequence.replace('C', 'g')
    sequence = sequence.replace('G', 'c')
    return sequence.upper()

def DNA_reverse(sequence):
    sequence = sequence.upper()
    return sequence[::-1]

使用:
file_name = '1.txt'
data = []
for line in open(file_name):
    line = line.split()
    data.append(DNA_reverse(DNA_complement(line)))

正告楼下抄袭本人回答的无耻之徒,本人坚持投诉到底,直到封号为止!

yuanzhen_licheng
yuanzhen_licheng 您好,如何调用文件呢
一年多之前 回复
 import sys
def DNA_complement(sequence):
    sequence = sequence.upper()
    sequence = sequence.replace('A', 'T')
    sequence = sequence.replace('T', 'A')
    sequence = sequence.replace('C', 'G')
    sequence = sequence.replace('G', 'C')
    return sequence.upper()

def DNA_reverse(sequence):
    sequence = sequence.upper()
    return sequence[::-1]

file_name = '1.txt'
f = open(file_name)
f1 = open(r"1rv.txt", "a+")
line = f.readline()
s = ""
while line:
    s = s + (DNA_reverse(DNA_complement(line)))
    line = f.readline()
f1.write(s)
f.close()
f1.close()

1.txt
ccccgtatcgccaagggcaaggtcatcatcggcaacggcggtgcagagttcggcgcccgtggctttgtgacggcgtatgacgctgaaacgggcaagatggactggcgcttcttcaccgttccgaaccctgacaacaagccggacggcgcagcgtctgacgacgtgctgatgtccaaggcttatccgacatggggcaagggcggcgcatggaagcagcagggcggtggcggaaccgtctgggattcgctgatctatgaccccgtaacggatcttgtttaccttggcgtcggcaacggctcaccctggaactacaagttccgctcggaaggaaaa
1rv.txt
AAAACCAACCCACCCCAACAACAACAACCACCCACACCCCAACCCCACCCCAACCAAAACAACAACCCAAACCCCCACAAACAACACCCAAACCCACACCCAACCCCCACCCCCCACCACCAACCAACCCCCCCCCAACCCCCAACACCCAAAACCCAACCACAACACCACCACCACACACCCACCCCCCACCCCCAACAACACACCCAACCCAACCCACAACAACCCCCACACCAACAACCCCCAAACACCCACAAACCCCCACACAAACCCACCCCCCCCCAACACACCACCCCCCAACCCCAACAACACCAACCCCAACCCCAAACCCCC

caozhy
贵阳老马马善福专业维修游泳池堵漏防水工程 https://ask.csdn.net/questions/688872#answer_555639
一年多之前 回复
yuanzhen_licheng
yuanzhen_licheng 您好,反向互补后应该是ttttccttccgagcggaacttgtagttccagggtgagccgttgccgacgccaaggtaaacaagatccgttacggggtcatagatcagcgaatcccagacggttccgccaccgccctgctgcttccatgcgccgcccttgccccatgtcggataagccttggacatcagcacgtcgtcagacgctgcgccgtccggcttgttgtcagggttcggaacggtgaagaagcgccagtccatcttgcccgtttcagcgtcatacgccgtcacaaagccacgggcgccgaactctgcaccgccgttgccgatgatgaccttgcccttggcgatacgggg
一年多之前 回复

您好,结尾处 aaggaaaa 反向互补后应该变成结果序列的开头部分,因该是 ttttcctt ,不是AAAACCAA,好像 a 都没有反补,是吗,
您再看看,完成后另外那40个币您也收了吧

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running install ERROR:root:code for hash md5 was not found. Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 147, in <module> globals()[__func_name] = __get_hash(__func_name) File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 97, in __get_builtin_constructor raise ValueError('unsupported hash type ' + name) ValueError: unsupported hash type md5 ERROR:root:code for hash sha1 was not found. Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 147, in <module> globals()[__func_name] = __get_hash(__func_name) File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 97, in __get_builtin_constructor raise ValueError('unsupported hash type ' + name) ValueError: unsupported hash type sha1 ERROR:root:code for hash sha224 was not found. Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 147, in <module> globals()[__func_name] = __get_hash(__func_name) File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 97, in __get_builtin_constructor raise ValueError('unsupported hash type ' + name) ValueError: unsupported hash type sha224 ERROR:root:code for hash sha256 was not found. Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 147, in <module> globals()[__func_name] = __get_hash(__func_name) File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 97, in __get_builtin_constructor raise ValueError('unsupported hash type ' + name) ValueError: unsupported hash type sha256 ERROR:root:code for hash sha384 was not found. Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 147, in <module> globals()[__func_name] = __get_hash(__func_name) File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 97, in __get_builtin_constructor raise ValueError('unsupported hash type ' + name) ValueError: unsupported hash type sha384 ERROR:root:code for hash sha512 was not found. Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 147, in <module> globals()[__func_name] = __get_hash(__func_name) File "/usr/local/lib/python2.7/hashlib.py", line 97, in __get_builtin_constructor raise ValueError('unsupported hash type ' + name) ValueError: unsupported hash type sha512 Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 94, in <module> scripts = scripts, File "/usr/local/lib/python2.7/distutils/core.py", line 151, in setup dist.run_commands() File "/usr/local/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File "/usr/local/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "/setuptools-0.6c11/setuptools/command/install.py", line 76, in run self.do_egg_install() File "/setuptools-0.6c11/setuptools/command/install.py", line 85, in do_egg_install easy_install = self.distribution.get_command_class('easy_install') File "/setuptools-0.6c11/setuptools/dist.py", line 395, in get_command_class self.cmdclass[command] = cmdclass = ep.load() File "/setuptools-0.6c11/pkg_resources.py", line 1954, in load entry = __import__(self.module_name, globals(),globals(), ['__name__']) File "/setuptools-0.6c11/setuptools/command/easy_install.py", line 21, in <module> from setuptools.package_index import PackageIndex, parse_bdist_wininst File "/setuptools-0.6c11/setuptools/package_index.py", line 10, in <module> from md5 import md5 File "/usr/local/lib/python2.7/md5.py", line 10, in <module> from hashlib import md5 ImportError: cannot import name md5 以上是问题呈现。
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求教!安装kaldi,make时错误提示没有安装libtool和python2.7,但是已经安装了。
在虚拟机linux系统,ubuntu18.0.4下安装,指令如下,请教怎么解决这个问题,谢谢! ~/kaldi-trunk/tools$ make extras/check_dependencies.sh extras/check_dependencies.sh: libtool is not installed. extras/check_dependencies.sh: python 2.7 is not installed extras/check_dependencies.sh: we recommend that you run (our best guess): sudo apt-get install libtool python2.7 Makefile:31: recipe for target 'check_required_programs' failed make: *** [check_required_programs] Error 1 ~/kaldi-trunk/tools$ sudo apt-get install libtool python2.7 正在读取软件包列表... 完成 正在分析软件包的依赖关系树 正在读取状态信息... 完成 libtool 已经是最新版 (2.4.6-2)。 python2.7 已经是最新版 (2.7.15~rc1-1ubuntu0.1)。 升级了 0 个软件包,新安装了 0 个软件包,要卸载 0 个软件包,有 42 个软件包未被升级。 lihao@lihao-virtual-machine:~/kaldi-trunk/tools$ make extras/check_dependencies.sh extras/check_dependencies.sh: libtool is not installed. extras/check_dependencies.sh: python 2.7 is not installed extras/check_dependencies.sh: we recommend that you run (our best guess): sudo apt-get install libtool python2.7 Makefile:31: recipe for target 'check_required_programs' failed make: *** [check_required_programs] Error 1
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不要偷偷的查询我的个人资料,即使你再喜欢我,也不要这样,真的不好;
redis分布式锁,面试官请随便问,我都会
文章有点长并且绕,先来个图片缓冲下! 前言 现在的业务场景越来越复杂,使用的架构也就越来越复杂,分布式、高并发已经是业务要求的常态。像腾讯系的不少服务,还有CDN优化、异地多备份等处理。 说到分布式,就必然涉及到分布式锁的概念,如何保证不同机器不同线程的分布式锁同步呢? 实现要点 互斥性,同一时刻,智能有一个客户端持有锁。 防止死锁发生,如果持有锁的客户端崩溃没有主动释放锁,也要保证锁可以正常释...
项目中的if else太多了,该怎么重构?
介绍 最近跟着公司的大佬开发了一款IM系统,类似QQ和微信哈,就是聊天软件。我们有一部分业务逻辑是这样的 if (msgType = "文本") { // dosomething } else if(msgType = "图片") { // doshomething } else if(msgType = "视频") { // doshomething } else { // doshom...
Nginx 原理和架构
Nginx 是一个免费的,开源的,高性能的 HTTP 服务器和反向代理,以及 IMAP / POP3 代理服务器。Nginx 以其高性能,稳定性,丰富的功能,简单的配置和低资源消耗而闻名。 Nginx 的整体架构 Nginx 里有一个 master 进程和多个 worker 进程。master 进程并不处理网络请求,主要负责调度工作进程:加载配置、启动工作进程及非停升级。worker 进程负责处...
Python 编程开发 实用经验和技巧
Python是一门很灵活的语言,也有很多实用的方法,有时候实现一个功能可以用多种方法实现,我这里总结了一些常用的方法和技巧,包括小数保留指定位小数、判断变量的数据类型、类方法@classmethod、制表符中文对齐、遍历字典、datetime.timedelta的使用等,会持续更新......
YouTube排名第一的励志英文演讲《Dream(梦想)》
Idon’t know what that dream is that you have, I don't care how disappointing it might have been as you've been working toward that dream,but that dream that you’re holding in your mind, that it’s po...
“狗屁不通文章生成器”登顶GitHub热榜,分分钟写出万字形式主义大作
一、垃圾文字生成器介绍 最近在浏览GitHub的时候,发现了这样一个骨骼清奇的雷人项目,而且热度还特别高。 项目中文名:狗屁不通文章生成器 项目英文名:BullshitGenerator 根据作者的介绍,他是偶尔需要一些中文文字用于GUI开发时测试文本渲染,因此开发了这个废话生成器。但由于生成的废话实在是太过富于哲理,所以最近已经被小伙伴们给玩坏了。 他的文风可能是这样的: 你发现,...
程序员:我终于知道post和get的区别
是一个老生常谈的话题,然而随着不断的学习,对于以前的认识有很多误区,所以还是需要不断地总结的,学而时习之,不亦说乎
《程序人生》系列-这个程序员只用了20行代码就拿了冠军
你知道的越多,你不知道的越多 点赞再看,养成习惯GitHub上已经开源https://github.com/JavaFamily,有一线大厂面试点脑图,欢迎Star和完善 前言 这一期不算《吊打面试官》系列的,所有没前言我直接开始。 絮叨 本来应该是没有这期的,看过我上期的小伙伴应该是知道的嘛,双十一比较忙嘛,要值班又要去帮忙拍摄年会的视频素材,还得搞个程序员一天的Vlog,还要写BU...
加快推动区块链技术和产业创新发展,2019可信区块链峰会在京召开
11月8日,由中国信息通信研究院、中国通信标准化协会、中国互联网协会、可信区块链推进计划联合主办,科技行者协办的2019可信区块链峰会将在北京悠唐皇冠假日酒店开幕。   区块链技术被认为是继蒸汽机、电力、互联网之后,下一代颠覆性的核心技术。如果说蒸汽机释放了人类的生产力,电力解决了人类基本的生活需求,互联网彻底改变了信息传递的方式,区块链作为构造信任的技术有重要的价值。   1...
Java世界最常用的工具类库
Apache Commons Apache Commons有很多子项目 Google Guava 参考博客
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