文本文件在不同操作系统下使用的换行符和字符编码都不一样。从一个系统到另一个系统，文件出现乱码，那一般都是编码支不支持的问题。在Linux系统上，一般都是不带BOM的utf8编码格式。Windows上一般是local ascii码，比如中文系统就是GB2312。这是一个思路。再有，你说的sourceinsight是一个git类工具。你需要检查一下git的设置，一般在安装git的时候有个设置，提交时转不转换编码。这儿也要排查一下。
这是因为windows和Linux文件格式差异导致，用dos2unix命令把文件转换下就可以了。
例如你有main.cpp，在当前目录执行下面的命令：
dos2unix main.cpp
如果当前目录所有文件需要转换则，执行下面的命令：
dos2unix ./*
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