pom.xml文件中可以设置 .java文件在那个目录下 resource文件在那个目录下等，
你说的目录不一样还包括哪些？
具体研究一下pom文件，应该大部分都能通过设置解决的。

你说的的这4点，Maven都有相关的插件可以实现。不过第一个我一般还是用eclipse的svn插件实现。

1.从svn获取文件
我没干过。据我所知支持SVN

2.自动编译
定时运行mvn compile命令。

3.生成发布包
定义运行mvn package

4.如有可能，自动部署更好
定时运行cp myapp.war /path/to/tomcat/web/appps/

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4.如有可能，自动部署更好
定时运行cp myapp.war /path/to/tomcat/web/appps/
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这个用cargo-maven2-plugin实现更好。

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maven和eclipse生成的项目，目录结构不一样。
项目正在开发中，不太可能立马调整目录结构，能否在现有的目录结构的基础上用maven？
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当然可以，我就是在eclipse生成的目录结构下用的Maven。