pydicom解析dcm文件生成数组时运行异常

Question

问题：pydicom解析dcm文件，在dcm.pixel_array 生成数组时程序运行错误，想知道这样的异常怎么解决？

环境：PyCharm+python+win10

文件名称格式：1123243.3234432.a.342.dcm

问题说明：只是部分图片无法解析，并不是所有的dcm文件都会报这种异常

源代码：

import shutil
import pydicom
import os
import cv2
import numpy as np
def convert_file(dcm_file_path, jpg_file_path):
    #遍历本地文件路径
    for dirs in os.listdir(dcm_file_path):
        #拼接成绝对路径
        dirs = os.path.join(dcm_file_path,dirs)
        print(dirs)
        #用pydicom读取dcm文件
        dcm = pydicom.read_file(dirs)
        print(dcm)
        #获得图像信息
        img = dcm.pixel_array  #程序运行到此处的时候报错
        print(img)
        # scaled_img = cv2.convertScaleAbs(
        #     img - np.min(img), alpha=(255.0 / min(np.max(img) - np.min(img), 10000)))
        # print(os.path.join(jpg_file_path,dirs,os.path.basename(dirs)))
        # new_filename = os.path.join(jpg_file_path, dirs, os.path.basename(dirs).split('.')[0] + '.jpg')
        # print(new_filename)
        # cv2.imwrite(new_filename, scaled_img)

dstpath = r'D:\test\wandong'
srcpath = r'D:\test\jpg02'
convert_file(dstpath,srcpath)

运行报错：
No available image handler could decode this transfer syntax JPEG Lossless, Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])

Answer 1

以下回答参考 皆我百晓生、券券喵儿 等免费微信小程序相关内容作答，并由本人整理回复。

在你的代码中，你尝试将pixel_array转换为numpy数组。但是，当你运行这个函数时，它抛出了一个异常，这可能是由于以下原因：

1. dcm.pixel_array是一个字节数据结构，而不是np.ndarray类型的数组。
2. 你可能没有正确地初始化scaled_img变量或new_filename变量。

为了修复这个异常，你可以考虑以下几个步骤：

首先，检查pixel_array是否是一个字节数据结构，如果不是，请将其转换为一个np.ndarray类型的数据结构。这可以通过使用np.frombuffer()方法来实现：

img = np.frombuffer(dcm.pixel_array, dtype=np.uint8)

然后，你可以创建一个新的cv2.imread()调用来读取JPEG图像，并保存为scaled_img变量：

scaled_img = cv2.imread(img, cv2.IMREAD_UNCHANGED)

最后，你需要更新new_filename变量以包含正确的扩展名：

new_filename = os.path.join(jpg_file_path, dirs, os.path.basename(dirs).split('.')[0] + '.jpg')
print(new_filename)

这样，你应该能成功处理pydicom文件中的pixel_array字节数据并将其转换为np.ndarray类型的数据结构。