Fancyuzi 2021-01-28 01:49 采纳率: 0%
浏览 144

【菜鸟】trim_galore报错 Unable to create directory


bin_trim_galore=trim_galore
dir='~/bioinfo/rna/data01/srr/clean/'
cat $1 |while read id
do
        arr=(${id})
        fq1=${arr[0]}
        fq2=${arr[1]}
$bin_trim_galore -q 25 --phred33 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2
done
~                                                                                                                                                                                          
~                                                                                                                                                                                          
~            

sh文件如上图,bash之后就提示

Multicore support not enabled. Proceeding with single-core trimming.
Path to Cutadapt set as: 'cutadapt' (default)
Cutadapt seems to be working fine (tested command 'cutadapt --version')
Cutadapt version: 3.2
single-core operation.
Unable to create directory ~/bioinfo/rna/data01/srr/clean/ No such file or directory
 

是我dir设置的问题吗,是~还是/的问题?

  • 写回答

3条回答 默认 最新

  • SoftwareTeacher 《编程之美》作者 2021-01-28 08:03
    关注

    >Unable to create directory ~/bioinfo/rna/data01/srr/clean/ No such file or directory  

     

    你到这个目录的每一级,看你有权限创建目录或者写文件么?

    评论

报告相同问题?

悬赏问题

  • ¥15 计组这些题应该咋做呀
  • ¥60 更换迈创SOL6M4AE卡的时候,驱动要重新装才能使用,怎么解决?
  • ¥15 让node服务器有自动加载文件的功能
  • ¥15 jmeter脚本回放有的是对的有的是错的
  • ¥15 r语言蛋白组学相关问题
  • ¥15 Python时间序列如何拟合疏系数模型
  • ¥15 求学软件的前人们指明方向🥺
  • ¥50 如何增强飞上天的树莓派的热点信号强度,以使得笔记本可以在地面实现远程桌面连接
  • ¥20 双层网络上信息-疾病传播
  • ¥50 paddlepaddle pinn