-bash：[Error] seqtk failed.

Question

运行-bash 后出现报错：

(megagenome_env) zhangjiawei@cockroach-evolution:~/liyong/DATA/GP-H-C/data/TCSF_IMRA/TCSF_OUT_20210221_1612$ ~/liyong/HUANGJING-megagenome-env/TCSF_IMRA_2.5_Revision/TCSF_IMRA/./IMRA-2.5.1.bash  -ref TCSF_contigs_TCSF_OUT_20210221_1612.fna -inF ~/liyong/DATA/GP-H-C/data/TCSF_IMRA/GP-H-C_L01_1.fq -inR ~/liyong/DATA/GP-H-C/data/TCSF_IMRA/GP-H-C_L01_2.fq -spa

IMRA--------------------------------------------------------Start.20210222085707

-----------Initial status

Loading required package: seqinr
Loading required package: ade4
  NumScaffolds =  735 
  SumScaffoldsLength =  797838 
  MaxScaffoldLength =  6604 
  Input N50 =  1425 
  Input L50 =  177 

 Building a SMALL index
0.85% overall alignment rate

IMRA--------------------------------------------------------Cycle_1 START

1.03% overall alignment rate

read type: >= Casava ver. 1.8 
[Error] seqtk failed. Please check the the File.

 

该seqtk我已经安装好了，但是bash脚本不能识别，这是为什么呢？？

Answer 1

以下回答参考 皆我百晓生、券券喵儿 等免费微信小程序相关内容作答，并由本人整理回复。

seqtk是一个用于处理序列数据的工具包。在你的bash脚本中，你尝试使用seqtk来计算一个序列文件（TCSF_contigs_TCSF_OUT_20210221_1612.fna）和两个fq文件（~/liyong/DATA/GP-H-C/data/TCSF_IMRA/GP-H-C_L01_1.fq 和 ~/liyong/DATA/GP-H-C/data/TCSF_IMRA/GP-H-C_L01_2.fq）。然而，seqtk在处理这些文件时遇到了问题。

首先，确保你的系统上已经安装了seqtk。你可以通过在终端中输入以下命令来检查是否已经安装：

which seqtk

如果seqtk没有被找到，你需要从源码安装它。对于Linux发行版，可以使用以下命令：

sudo apt-get install seqtk

如果你还是遇到问题，请确认这两个文件是正确的路径，并且它们在当前目录下。此外，seqtk可能需要一些额外的参数或者配置才能正常工作。例如，如果你想要使用seqtk进行组装或拼接，你需要提供相应的参数，比如--assembly 或者 --join。

最后，确保你的环境变量设置正确，以允许访问到seqtk所在的目录。这通常可以通过添加到你的.bashrc或.bash_profile文件中的行来实现：

export PATH=$PATH:/path/to/your/seqtk/bin

将上述内容替换为适合你系统的相应部分。

export PATH=/usr/local/bin:$PATH:/path/to/your/seqtk/bin

然后，重新运行你的bash脚本来查看是否解决了问题。