freesurfer 在进行recon-all的时候遇到了这个问题,请各位大神看看怎么处理
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freesurfer recon-all过程中出问题,各位大神看看是为什么
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- 2023-01-16 16:25回答 1 已采纳 这个错误提示表明在写入mgz文件时出现了问题,可能是文件无法创建或者没有写入权限。建议检查文件路径是否正确,并确保有写入权限。
- 2022-08-21 13:29回答 1 已采纳 你可以用conn工具箱试试,导入freesurfer分割后得到的mgz文件作为结构像,同时导入freesurfer的模版图谱,并导入海马亚区的ROI,然后把海马体部作为种子点计算seed-to-vox
- 2022-09-17 23:50回答 1 已采纳 如果内存足够大的话就虚拟机,况且你只是学习操作方法,并不是用来跑大量数据。
- 2021-06-16 21:28scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到 的映像,该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后,您可以在构建容器之前...
- 2022-06-28 15:28handsofgod的博客 本文详细说明了freesurfer软件工具中recon-all命令的具体步骤,并解释了每一步的作用,方便在对MRI图像进行预处理时对每一步有详细的理解。同时也可以根据各个步骤自定义处理流程。
- 2021-11-08 16:15TODAIZHANG的博客 1, 过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时,可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 2, 该操作是十分耗时的,...
- 2022-10-26 01:29神经影像数据处理的博客 freesurfer recon-all并行运算parallel
- 2022-05-26 12:18GraceWangWYY的博客 2022.5.25 FreeSurfer入门练习:Recon-all 参考资料:https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_03_ReconAll.html FreeSurfer Tutorial #3: Recon-all recon- all指令介绍: ...
- 2022-07-03 16:02sta@ma@brain的博客 在跑freesurfer的过程中,我们需要检查日志文件夹recon-all.log 是否有 finished without error ,而有些exited with ERRORS,如果逐个打开每个被试文件夹Scripts的log日志检查,就显得工作量巨大。那么怎么才能提高...
- 2022-05-27 03:14MRI_lab的博客 每次使用前都需要配置环境变量 export FREESURFER_HOME=$Computer/usr/local/freesurfer #freesurfer文件夹位置 export SUBJECT_DIR=$Computer/usr/local/recon #recon... recon-all -s /user/local/rec
- 2018-11-14 19:34三世的博客 recon-all : Performs all, or any part of, the FreeSurfer cortical reconstruction process. Synopsis recon-all -subjid subjid [Directive] Arguments Note: arguments ar.....
- 2021-08-24 11:16KaSuo幻影的博客 echo "no scan.log" endif set mpr = (cat $dat | grep "256 256 128" |grep ok | awk '{print $8}') echo "found mprages, $mpr" echo recon-all -i $dcmdir/$s/$mpr -all -s $subjid >> $log freesurfer reconall...
- 2022-09-25 10:19freesurfer自己需要时只能慢吞吞用10+kb的速度下载,文件5个G,要下载3天半,非常费时,故上传资源,需要可自行下载。因为每次上传不能超过1G,所以分了几个帖子。第二节。
- recon-all-v7.1.1-parallel-patch 这是 (2020年7月27日)中所有内容的修补程序,该版本在两个地方删除了并行性,以删除有时会导致... 使用以下命令安装: patch /usr/local/freesurfer/bin/recon-all parallel.patch
- 2023-09-09 12:06drwyan的博客 parallel ls *.nii.gz | parallel --jobs 6 recon-all -s {.} -i {} -all -qcache # ls *.nii.gz` : 列出所有SubXXX.nii.gz文件 # 列表传递给parallel # parallel --jobs num` : 使用num个线程进行并行运算 # s {.}...
- 2021-10-21 22:10sta@ma@brain的博客 #!/bin/bash export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata ... recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache do
- 2022-09-25 10:39freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar 第七个,也是最后一个 单独下载10kb每秒,巨慢,本文件5个G,下载要3天半,故拆分上传
- 2021-04-25 09:28K-Surfer是KNIME的一种新颖独特的软件插件,用于管理和分析FreeSurfer大脑dMRI数据。 K-Surfer由一组KNIME节点组成,这些节点执行多项任务,例如,导入从TRACULA生成的扩散数据,导入从神经图像的分割和重建中获得的...
- 2022-09-25 10:16freesurfer自己需要时只能慢吞吞用10+kb的速度下载,文件5个G,要下载3天半,非常费时,故上传资源,需要可自行下载。因为每次上传不能超过1G,所以分了几个帖子。
- 2022-09-25 10:25freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar 如题 第三
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