柚子柚子蜜 2021-06-12 11:11
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算法-动态规划-RNA最小自由能问题C语言求解

RNA分子的一级结构可以看作是由核苷酸顺序排列构成的一条链,由于含有碱基不同,这些核苷酸分别标记为字母A,C,G,U。给定RNA一级结构,按照以下原则求具有最小自由能的RNA二级结构。

  1. 配对只在U与A,C与G之间进行。
  2. 在发夹环部位不允许出现“尖角”,至少含有3个不参与匹配的核苷酸;换句话说,如果位置i与j配对,那么i≤j-4。
  3. 不允许重复配对,每个核苷酸只能参加一个配对。

不允许交叉配对,即如果4个碱基位置i1,i2,j1,j2满足i1<i2<j1<j2 ,那么不允许i1-j1,i2-j2 配对,但可以i1-j2,i2-j1允许配对。

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