Donnx 2021-06-12 21:49 采纳率: 50%
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python使用pip安装pybedtools失败

使用pip安装pybedtools显示如下错误:

ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: 'D:\ProgramData\Anaconda3\python.exe' -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\soul\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-7830ssd5\\pysam\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\soul\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-7830ssd5\\pysam\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base 'C:\Users\soul\AppData\Local\Temp\pip-pip-egg-info-x3j6gt6f'
         cwd: C:\Users\soul\AppData\Local\Temp\pip-install-7830ssd5\pysam\
    Complete output (23 lines):
    # pysam: cython is available - using cythonize if necessary
    # pysam: htslib mode is shared
    # pysam: HTSLIB_CONFIGURE_OPTIONS=None
    '.' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
    或批处理文件。
    '.' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
    或批处理文件。
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "C:\Users\soul\AppData\Local\Temp\pip-install-7830ssd5\pysam\setup.py", line 240, in <module>
        htslib_make_options = run_make_print_config()
      File "C:\Users\soul\AppData\Local\Temp\pip-install-7830ssd5\pysam\setup.py", line 68, in run_make_print_config
        stdout = subprocess.check_output(["make", "-s", "print-config"])
      File "D:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 411, in check_output
        return run(*popenargs, stdout=PIPE, timeout=timeout, check=True,
      File "D:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 489, in run
        with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
      File "D:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 854, in __init__
        self._execute_child(args, executable, preexec_fn, close_fds,
      File "D:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 1307, in _execute_child
        hp, ht, pid, tid = _winapi.CreateProcess(executable, args,
    FileNotFoundError: [WinError 2] 系统找不到指定的文件。
    # pysam: htslib configure options: None
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

请问大佬们这怎么解决呢

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  • 一个达布刘-_- 2021-10-31 16:52
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    解决了吗楼主

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