下载的fastq数据不是@RG开头该怎么进行bwa操作

Question

 

Answer 1

在BWA中，需要给每个需要比对的序列添加一个@RG标签表示read group，方便在后续的分析中进行标识和分组。每个@RG标签都应该包括以下信息：

ID：每个read group都应该有一个唯一的ID，通常是一个简短的字符串，用于识别该组数据。
SM：样本的名字，是该组数据中需要比对的所有序列的共同属性。
PL：平台的类型，比如illumina，solid等。
LB：该序列是来自于哪个库，比如PCR-free library，PCR-based library等。
如果你的fastq数据文件中不是以@RG开头，你可以手动添加一个@RG标签，或者使用一些外部工具来进行添加。其中一个外部工具是Picard的AddOrReplaceReadGroups命令，可以用来添加或替换fastq序列的@RG标签。

例如，你可以使用以下命令来使用Picard将fastq序列的@RG标签添加到bam文件中：

picard AddOrReplaceReadGroups \
    INPUT=input.bam \
    OUTPUT=output.bam \
    RGID=group1 \
    RGLB=lib1 \
    RGPL=illumina \
    RGPU=unit1 \
    RGSM=sample1