微生物全基因组有关问题

Question

测序的时候把两株菌写反了，对后续有什么影响？哪些数据是还能用的？
就是枯草和地衣两株菌，把它们写反了，公司那边出来的结果还可信吗？

Answer 1

把两株微生物的测序结果写反会对后续分析产生一定的影响，不过具体影响的程度取决于后续分析的目的和方法。

首先，针对两株菌株，它们的全基因组序列在基因组大小、GC含量、基因数目、基因组结构、功能基因等方面可能存在差异。因此，如果样品标签被写反，测序结果中的两株菌株的序列数据被混淆了，相关数据分析结果也就失去了原有的意义。例如，如果要进行菌株的关系分析，建立菌株的进化树、进行菌株类群鉴别、抗药性分析等，混淆了不同菌株的数据很可能导致分析结果不准确或失去意义。

其次，对于具体哪些数据是还能用的，需要根据测序和分析的具体情况而定。如果测序数据存在混淆情况，那么基于该数据进行的菌株特征分析、基因组注释、基因的拼图、SNP/InDel分析等都可能受到影响。但是，最基本的序列组装、质量过滤、日报生成等基本数据分析流程一般情况下可能还是可以进行的。当然，为了避免数据出现较大的质量问题，建议重新测序或尝试使用其他方法纠正数据。

最后，出现错误后取决于数据可信程度仍需进行一定的鉴定。如果公司可以在测序数据出来之后正确识别错误并及时进行更正，则可能结果仍可信。建议联系公司技术支持，确认标签是否已经更正，并了解可区分两株菌株的其他信息，从而根据实际情况作出决策。