1.geo数据库中下载gse文件有原始数据和预处理的表达矩阵，那么如果下载表达矩阵，还需要进行标准化、归一化、计算缺失值等操作吗，还是直接可以差异分析。
2.当需要用到多个芯片平台时，怎么处理文件？怎么标准化？是下载cel文件还是表达矩阵文件？
谢谢！！！
geo数据库文件下载的处理
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- 2023-02-11 13:21回答 1 已采纳 以下答案引用自GPT-3大模型,请合理使用：1.使用GEO数据库时，如果文献末尾没有出现GEO2R就意味着使用的是R语言。2.数据类型可以通过文献中的定义来判断。一般情况下，除了rna-seq数据外，
- 2023-02-19 23:00回答 8 已采纳 该回答引用ChatGPT 有可能是由于两个数据集的差异性导致的。虽然两个数据集都是肝癌数据，但是不同的实验条件、处理方法、测序平台等都会导致基因表达的差异。在使用外部验证数据集时，可以进行以下步骤来
- 2022-11-01 13:25回答 2 已采纳 你的R版本不符合，要4.2以上，然后重新下载 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManage
- 2021-03-10 10:10Shannon.Y的博客 GEO是生信分析经常用到的数据库。经常需要从中获取表达矩阵，平台信息，meta信息等，本博文总结了几种下载GEO数据的方法，各有优劣，实际应用过程中自行选择适合自己的。 ##方法一：直接从浏览器中下载 以数据集GSE...
- 2021-05-25 00:43回答 1 已采纳 好像是不可以的。
- 2022-10-18 01:15回答 1 已采纳 作者都放在补充文件里面了，在geo官网下载，是SARS-CoV-2的吧，我看到有raw文件
- 2020-07-14 14:05回答 1 已采纳 https://www.cnblogs.com/linjiqin/p/12877825.html
- 2022-11-27 11:50多学点生信怎么了的博客 NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），...
- 2023-03-09 15:48回答 1 已采纳 小魔女参考了bing和GPT部分内容调写:使用GEO数据和TCGA模型筛选出的预后基因，可以对这些基因的表达量进行分析，以验证TCGA模型的准确性。可以通过比较GEO数据库和TCGA数据库中基因的表达
- 2022-01-04 16:25回答 1 已采纳 题主你好 就直接使用regions就行
- 2021-06-30 16:43回答 2 已采纳 https://blog.csdn.net/testcs_dn/article/details/78708209/是否对你有帮助
- 2024-02-11 17:12呆猪儿的博客 GEO数据库中高通量数据处理（结合了官方和自己理解），包括：基因symbol转化，获取count，fpkm处理，设置分组信息表。
- 2023-02-12 09:54回答 2 已采纳 你看下geohash是否在lib/site-package/下面，然后打开geohash文件夹，看下有没有neighbors。然后你去重新下一个这个包，下载后改一下__int__里的import就行.
- 2023-02-13 15:22福旺旺的博客 GEO数据库：芯片数据分析（获取表达矩阵，limma差异化分析）
- 2022-05-23 10:49皮肤小白生的博客 用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础...
- 2022-11-30 15:07LN生物笔记的博客 最后将数据框输出为csv文件，这个时候如果直接用write.table()函数的话，会造成列名左移的情况，解决办法参见我之前的文章。只能提取该GSE中一个GPL，不注意这点就会遗漏掉另一个GPL的数据。如果你的GSE只有一个GPL...
- 2023-01-02 16:09生信小博士的博客 发现其文件有点多，而且一个文件 就67G了，在自己的电脑里面操作的可能性很小，所以就直接去服务器处理吧。当然了，后续的分析才是苦难的开始，虽然咱有普通atac-seq技术打底，学一个新技术会很快，但该有的挫折感并...
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