#Shell脚本# 用shell脚本合成tcga的基因表达谱矩阵,脚本一直不出结果,求助!
# file_ID和file_name数组分别存储file ID和file name
bash
file_ID=(`awk '{if(NR>1)print $1}' ../gdc_manifest_20181023_012448.txt`)
file_name=(`awk '{if(NR>1)print $2}' ../gdc_manifest_20181023_012448.txt`)

# 数组file_path存储文件路径:
for((i=0;i<${#file_ID[@]};i++)){
    file_path[$i]="./"${file_ID[$i]}"/"${file_name[$i]}
    echo ${file_path[$i]}
}

# 使用awk二维数组进行合并:
awk -v file_num=${#file_path[@]} '
    BEGIN{
        OFS="\t";
    }
    {
        # 每一个文件第一行是列名,而我们不需要合并列名,所以要NR>1
        # 然后以miRNA($1),文件ID(ARGIND),构建值为表达量($2)二位数组a[miRNA][exp].
        if(FNR>1){a[$1][ARGIND]=$3;}
    }
    # 构建了425个数组后进行合并:
    END{
        for(i in a){    # 一维是miRNA,所以i就是miRNA
            printf "%s\t",i     #输出miRNA
            j=1;        # 为了不改变文件顺序所以使用渐加的方式循环
            while(j<file_num+1){        #循环输出每个样本中miRNA的表达量
                printf "%s\t",a[i][j];
                j=j+1;
            }
            print ""    #每一行加个换行
        }
    }' ${file_path[@]} >../miRNA_exp_matrix.txt

# 将file_ID添加到表达量矩阵中:
echo miRNA ${file_ID[@]}|sed 's/ /\t/g'|awk '{if(NR==FNR)print;if(NR>FNR)print}' -  ../miRNA_exp_matrix.txt >../miRNA_exp_matrix_tmp.txt
cp ../miRNA_exp_matrix_tmp.txt ../miRNA_exp_matrix.txt
#删除临时文件:
rm ../miRNA_exp_matrix_tmp.txt

自己学了一下R语言,并没有找到文件操作这些。。。

1个回答

加了#!/bin/bash之后,可以运行

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