banana ranger 2021-09-23 10:21 采纳率: 25%
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已结题

从哪里能得到人类hg38的genome文件?

我在用bedtools提供的bedtobam功能时遇到了如下问题:

Usage:   bedtools bedtobam [OPTIONS] -i <bed/gff/vcf> -g <genome>

其中的genome文件如果直接用NCBI上下载的fna文件比对会报错:

bedToBam -i out2_stand.bed -g GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fna > out2_stand.bam
Less than the req'd two fields were encountered in the genome file (GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fna) at line 1.  Exiting.

在网上找相关案例,发现需要的基因组文件是这样的:

$ bedToBam -i rmsk.hg18.chr21.n.bed -g hg18.genome > rmsk.hg18.chr21.bam

但是在网上查找资料发现基本找不到后缀为genome的人类基因组文件,请问在哪里能下载相应文件,或者能用指令将得到的fna格式转化为genome文件吗?
附上bedtobam指令的help:

Tool:    bedtools bedtobam (aka bedToBam)
Version: v2.26.0
Summary: Converts feature records to BAM format.

Usage:   bedtools bedtobam [OPTIONS] -i <bed/gff/vcf> -g <genome>

Options: 
        -mapq   Set the mappinq quality for the BAM records.
                (INT) Default: 255

        -bed12  The BED file is in BED12 format.  The BAM CIGAR
                string will reflect BED "blocks".

        -ubam   Write uncompressed BAM output. Default writes compressed BAM.

Notes: 
        (1)  BED files must be at least BED4 to create BAM (needs name field).
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