已知一段碱基序列,想要在bam文件中查看包含这段序列的所有read(类似于在word文件中查找文本内容),应当如何操作?
目前尝试过的命令:
$ samtools view -h ref.c2.bam |less /AATGATACGGCGACCACCGAGATCT
$ /CTGCGACGGCTGCT: No such file or directory
报错,显示查不到相应内容,是因为bam文件不支持less的查找功能吗?有没有别的方法?
已知一段碱基序列,想要在bam文件中查看包含这段序列的所有read(类似于在word文件中查找文本内容),应当如何操作?
目前尝试过的命令:
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报错,显示查不到相应内容,是因为bam文件不支持less的查找功能吗?有没有别的方法?