之前考虑过用IGV查看,但是这段序列是转座酶引入的引物,没有mapping上,请问用什么方法能从原始的bam文件中找到这段碱基序列?
关注
码龄 粉丝数 原力等级 --
- 被采纳
- 被点赞
- 采纳率
已结题
如何在bam文件里查找一段碱基序列?
收起
- 写回答
- 好问题 0 提建议
- 关注问题
微信扫一扫点击复制链接分享
- 邀请回答
- 编辑 收藏 删除
- 收藏 举报
0条回答 默认 最新
报告相同问题?
提交
- 2024-12-01 17:48tRNA做科研的博客 序列比对结果的BAM和SAM文件详解
- 2021-04-21 15:14韩建刚(CAAS-UCD)的博客 sam/bam文件
- 2018-02-12 23:01徐洲更hoptop的博客 虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件,但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作,因为samtools其实已经提供了相应的工具samtools fastq...
- 2021-05-16 09:14吃瓜的小翻译的博客 参考了许多WES的流程之后...1、找变异的前处理这里主要是对bam文件进行排序,不知道用samtools和picard的差别在哪,但是,02样本用picard会报错的。对 mapping 得到的 bam 文件做完 Fix Mate Information、Sort 和 ...
- 2025-07-03 18:09XX56789的博客 本博客全面介绍了生物序列分析的基本概念、核心技术和实际应用。从DNA、RNA到蛋白质序列的组成和特点,到常用的分析工具如BLAST、Clustal Omega及基因预测工具GenScan和GeneMark,再到实际案例如水稻基因组注释和...
- 2025-05-08 10:55南风寺山的博客 DNAstar 是一款广泛应用于生物信息学领域的综合性软件,它提供了从基本的序列编辑到高级的进化分析等一系列工具。其界面友好,功能强大,为分子生物学研究者和学生提供了一个易于操作的平台,以进行序列分析、结构...
- 2025-12-01 12:34BytePulse的博客 掌握生物信息学中的基因序列比对关键指标,提升科研准确性。本文解析比对适用场景、核心算法与三大易忽视要点,助你优化分析流程。提高结果可靠性,值得收藏。
- 2020-03-24 19:30生信修炼手册的博客 欢迎关注”生信修炼手册”!除了动态的查看基因组学数据,IGV还内置了以下两个工具BlatMotif finder前者用于序列比对,后者用于motif的查找,本文的重点是介绍如何用IGV来...
- 2024-12-31 21:09tRNA做科研的博客 详细解释BED文件的内容,用法
- 2025-12-03 18:07PixelFlow的博客 快速掌握基因序列的 Biopython 处理技巧,高效解析FASTA与GenBank文件。适用于生物信息学分析、序列提取和注释读取,通过简洁代码实现自动化处理,大幅提升数据解析效率。方法实用,操作简单,值得收藏。
- 2021-03-15 12:41刘永鑫Adam的博客 写在前面通过我几天的学习,我发现,seqkit十分好用,将序列的各种操作都囊括进去,加入多线程,我个人认为这将是非常好的胶水,在处理无论是基因组还是其他组学。定是一个必学神器。注意一下教程...
- 2021-05-10 05:06刘万祥ExcelPro的博客 原始数据准备cd biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/example/reads/../../bowtie2 -x ../index/lambda_virus -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq | samtools sort -@ 5 -o tmp.bam -bcftools mpileup -f ../...
- 2020-03-23 23:49风风是超人的博客 STR: 短串联重复序列(short tandem repeats,STR)也称微卫星DNA(microsatellite DNA), 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律,个体间存在相同的短串联重复序列...
- 2025-12-18 14:56StepLens的博客 掌握生物信息Agent的序列分析核心技术,高效解决基因序列比对难题。涵盖BLAST、Smith-Waterman等5大算法策略,适用于基因组学、功能预测等场景,提升分析速度与精度。方法实用、效果显著,值得收藏。
- 2025-12-18 15:14LogicShoal的博客 掌握生物信息Agent的序列分析核心技术,构建高效自动化分析流程。本文详解7大核心模块设计,涵盖基因组、转录组等多场景应用,支持高通量数据智能解析,提升科研效率。方法系统实用,值得收藏。
- 2024-09-12 20:45请你喝好果汁641的博客 以上内容涵盖了从 GTF 文件处理、检测基因的可变剪切、提取最长转录本,到测序数据的过滤和质控、比对到参考基因组、处理 BAM 文件,以及最终的可视化操作。这些步骤帮助你一步步优化数据质量,为下游分析奠定坚实...
- 2018-09-07 18:01徐洲更hoptop的博客 基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。 从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测...
- 2024-10-12 22:00请你喝好果汁641的博客 软件手册:Samtools 手册翻译Samtools 是一个用于处理和分析 SAM(Sequence Alignment/Map)和 BAM(Binary Alignment/Map)格式文件的工具集。它提供了多种命令用于序列比对、格式转换、索引创建和统计分析等。
- 没有解决我的问题, 去提问