Xinror
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2019-04-11 00:11

三代测序新手学习:有一个问题请教,求大佬指点

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  • ubuntu
  • perl
  • 数据挖掘

由于之前没有接触过生物信息测序,现在刚开始运行一个校正工具遇到了一个和配置文件有关的问题,但是显示不能正常运行脚本文件,没有其他错误提示,怎么解决无从下手。。。请大佬指点迷津~

我现在用**MECAT2**https://github.com/xiaochuanle/MECAT2
跑一个3.4g左右大小的转录组数据,运行环境应该没有问题,因为我是在一个16g内存的阿里云服务器上做实验的,官方给的800M大的大肠杆菌基因组数据我也跑成功了,现在我按照示例 改了下运行时用的配置文件 ,但是在校正阶段就失败了,错误截图如下:

图片说明

命令行中 some_parts_config_file.txt是配置文件,这个命令就是根据 配置文件内容 校正数据,结果却**failed to run script**,我看了这个脚本文件,只有短短几行,且和运行示例时的脚本文件一样,所以问题应该不在这个 脚本文件。

下面是我的配置文件,官网上有个模板我按照模板 填了自己的信息,但不并不确定是否填对了,所以想请 大佬们帮我看下 ,是不是因为自己的配置文件错了才运行不下去。(路径没有问题)
图片说明

其中各字段的意义如下:从官网上截图的
图片说明

在此感谢所有帮助鄙人的大神们~

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