picard排序后，后续使用bvftools转vcf显示的没有排序

Question

问题遇到的现象和发生背景 ：分析重测序数据，在最后使用bcftools转vcf文件时报错，显示没有排序

问题相关代码，请勿粘贴截图

java -jar /public/home/hupy/picard-tools-1.119/SortSam.jar VALIDATION_STRINGENCY=SILENT INPUT=109-1.sam OUTPUT=109-1.sort.bam SORT_ORDER=coordinate 排序时没有报错
java -jar /public/home/hupy/picard-tools-1.119/MarkDuplicates.jar MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=8000 INPUT=/public/home/hupy/jieguo/109-1.sort.bam OUTPUT=109-1.sort.dedup.bam METRICS_FILE=109-1.sort.dedup.metrics VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT 然后删除重复也没有报错
/public/home/hupy/samtools-1.9/bin/samtools index /public/home/hupy/jieguo/109-1.sort.dedup.bam 建索引也没有报错
/public/home/hupy/samtools-1.9/bin/samtools merge -nu 15-.bam 109-1.sort.dedup.bam 109.sort.dedup.bam 425-2.sort.dedup.bam 431-2.sort.dedup.bam 432-4.sort.dedup.bam 454-6.sort.dedup.bam 538-4.sort.dedup.bam 541-14.sort.dedup.bam 545-4.sort.dedup.bam 573-16.sort.dedup.bam 582-4.sort.dedup.bam 584-2.sort.dedup.bam 718-4.sort.dedup.bam 766-2.sort.dedup.bam 832-4.sort.dedup.bam 合并多个bam文件也没有报错
/public/home/hupy/bcftools-1.8/bcftools mpileup /public/home/hupy/jieguo/15.bam --fasta-ref /public/home/hupy/ref.fa >15.vcf 出现报错

运行结果及报错内容

转vcf时出现的报错：The input is not sorted(reads out of order)

我的解答思路和尝试过的方法

我想要达到的结果

Answer 1

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