依渔 2021-11-29 22:43 采纳率: 0%
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已结题

python读取dcm图像PixelData属性异常,pixel_array属性不可用

Import pydicom
dicom_dataset = pydicom.dcmread(“0001.dcm”)

这是一张正常的dcm图像,使用pydicom读取正常。

1.dicom_dataset其含有pixel_array属性,是一个正常的像素矩阵,512x512。

2.dicom_dataset的PixelData属性字节长度为524288,正好等于512x512x2,其VR为”OW”。

3.使用第三方dicom viewer查看PixelData属性字节长度也为524288,其VR为”OW”。

#异常情况:
Import pydicom
dicom_dataset = pydicom.dcmread(“88886666_3_7.dcm”)

当我读取另一张图像“88886666_3_7.dcm”时,遇到了问题(图像本身可能是正常的)

1.首先其pixel_array属性不可用,不是一个正常的像素矩阵。

2.其次PixelData属性字节长度为117002,其VR为”OB”,这是不正常的。

3.用第三方dicom viewer查看“88886666_3_7.dcm”时,可以正常显示图像,PixelData属性,其字节长度为524288,其VR为”OW”。

#总之,在第三方软件中显示都是正常的,但是在python中 使用pydicom读出来的却不正常,希望能得到一些指导或建议。

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  • 依渔 2021-11-30 09:30
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    自问自答:(陷入困境的时候求助网友,结果上班路上重新捋一下思路反而找到了方向)
    问题的原因在于pydicom其局限性之一是无法处理压缩像素图像(如JPEG),所以解决问题的思路变为,换其他模块读取dcm文件。
    应用SimpleITK模块来读取DICOM文件的矩阵信息。应用pydicom来提取患者信息。
    参考资料:https://blog.csdn.net/jiandanjinxin/article/details/60583223

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