请问有没有在线生成PSSM矩阵的网站？
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- 2020-01-03 11:24「已注销」的博客 这里写自定义目录标题如何生成pssm矩阵1.安装psiblast软件2.添加数据库3.使用功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个...
- 2020-11-11 20:50xiaobai1_1的博客 一、本地生成方式——PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64） 本地生成需要自己下载ncbi-blast，还要自己动手安装及环境变量的配置；然后还要自己进行数据库构建，而一般我们需要拿来比对的数据库都比较大，下载...
- 2022-05-07 09:33爱吃零食的苦学僧的博客 生成PSSM矩阵
- 2024-01-23 19:49爱穿豹纹的阿姨的博客 ##python实现，pssm矩阵的构建过程，学习版
- 2021-09-16 21:27lengedd的博客 cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa为cdhit之后的fasta,也可以直接使用下载的fasta序列，无需cdhit,生成cd90_trim_remove_gap一系列文件 unbuntu@unbuntu-virtual-machine:~/1funclib/1gsk$ makeblastdb -in ...
- 2021-10-16 15:02李划水员的博客 在学习蛋白质蛋白质相互作用时看到了PSSM矩阵，就学习了一下如何生成的，具体步骤如下。 1.下载安装 网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2.正常运行安装 此处并不产生任何...
- 2022-07-20 11:10李划水员的博客 批处理获得蛋白质的PSSM矩阵
- 2019-03-28 22:42Ethan Chen的博客 PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对：一般用来生成pssm打分矩阵 其常用命令有USAGE psiblast [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_strategy filename] [-db ...
- 2019-07-24 09:35isxz的博客 之前发过一次Linux系统下生成PSSM矩阵的过程，有很多小伙伴问我如何在windows系统下生成PSSM矩阵，然后我就自己在电脑上试了一下，总结了以下几个步骤，供大家参考，如有不对的地方，还请大家批评指正。 1.blast的...
- 2021-05-18 09:47zjy1125的博客 PSSM矩阵（位置权重矩阵） 定义 -参考维基百科 -同时参考这篇优秀的博客： http://www.nohup.cc/article/112/ 可以反映出每个位置上不同碱基出现的频率，矩阵每一列表示相应位置上碱基出现的频率。 构造PSSM的第...
- 2021-01-28 22:06褚骏逸的博客 目录在linux上安装psiblast下载并编译用于比对的大型蛋白质数据库生成pssm批量生成方法文章中看到的手动生成pssm的方法 在linux上安装psiblast 最好新建一个python环境，因为我发现conda安装blast默认的是python==...
- 2023-09-19 17:28qq_46047351的博客 后来发现大无语事件，是下载的swissprot文件解压后不要放在swissprot文件夹里，而是直接放在db文件夹里。在运行的过程中一直报错File swissprot does not exist。
- 2023-10-26 13:59@ZyuanZhang的博客 在Linux下并行psi-blast，批量生成pssm文件。
- 2020-05-21 11:02Drone_xjw的博客 这个问题困扰了我一个多小时，因为我昨晚是可以跑生成pssm矩阵的blast命令 blastpgp -a 30 -i train_negative/new_negative_274_.fasta -d /home/xujunwei/dbs/uniref50 -h 0.001 -e 0.0001 -j 3 -Q pssm_files_...
- 2024-10-17 16:28一只小白tt的博客 如何使用Blast生成pssm矩阵，并生成平滑pssm特征输入到模型中
- 2019-11-24 15:32xiaobai1_1的博客 PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64） 参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046 https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/83993804 ...
- 2017-08-23 17:06CS搬运工的博客 生成pssm打分矩阵 4.1 在dos环境下进入db文件输入命令：psiblast -db pdbaa.fasta -in_msa k.fasta-num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm pssm2.txt 4.2 使用python或dos命令批量调用4.1代码...
- 2017-04-08 10:43Javis486的博客 -out_ascii_pssm test1.pssm 矩阵输出文件 最后注意，下载的文件最好和服务器提供的md5码比对下，如果其中一个文件损坏，会导致C++异常 BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: While mapping file [/...
- 2019-03-28 22:16Ethan Chen的博客 1、下载blast+程序 2、下载nr数据库，也可选择下载nt数据库或其他数据库，操作一样。 3、修改环境变量并本地化blast程序 4、将自己的序列与数据库文件对比，生成pssm矩阵 ...5、通过python程序批量生成pssm矩阵
- 2015-07-07 22:34拾毅者的博客 以下代码均为个人原创，如有疑问，欢迎交流。新浪微博：拾毅者本节内容： pssm生成 pssm简化 标准的pssm构建 滑动pssm生成 在基于蛋白质序列的相关预测...1.PSSM的生成PSSM的生成有多种方式，这里使用的psiblast软件，n
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