八块腹肌二狗 2022-02-21 17:03 采纳率: 0%
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根据文件1所有编号对应到文件2,提取相应的内容并打印

在做家族扩张时挑选出对应序列编号1.lst,但注释文件是原始编号,因此要从2.lst中找出对应的原始编号,用于提取注释信息
部分显示

1.lst

img


2.lst

img

序列少的时候可以用grep一行行提取,但是上千上完个序列就行不通了
grep "YC39B_15992" 2.lst >3.lst 
cat 3.lst
(TRINITY_DN42272_c3_g4_i1_orf1 type:5prime_partial len:162)     (YC39B_15992)
想获得1.lst编号对应原始编号两列,如下,该如何实现

YC39B_15992 TRINITY_DN42272_c3_g4_i1_orf1

感谢感谢

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  • ---逆渡默行--- 2022-02-22 17:52
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    cat 1.lst |xargs -I {} grep {} 2.lst |awk -F '(| ' ‘{print$5" "$2}’>>3.lst

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