替换表格内容后要重新注册事件，你注册的这个点击事件是被替换掉的dom，新增的dom没有注册事件，所以点击无效
js部分写成这样应该就可以了。
至于多了个tbody，是由于你没有按照规范写，浏览器自动加上tbody了，表格格式：

<script type="application/javascript">

$(function(){
    $("tr").click(function(){
        alert('123');
        $("tr").removeClass("tr-click");
        $(this).addClass("tr-click");
    })

    $("#btn").click(function(){
        var html="<tr><td>000</td><td>000</td></tr><tr><td>000</td><td>000</td></tr>";
        $(".table").replaceWith("<table>"+html+"</table>");

        $("tr").click(function(){
            alert('123');
            $("tr").removeClass("tr-click");
            $(this).addClass("tr-click");
        })
    })
})

</script>

你用replaceWith（）等于是重新创建一个表格来替换原来的表格。
你的单击事件是设置在原来的表格上的，新创建的表格没有设置事件。

解决方法是replaceWith（）替换表格之后重新对新创建的表格设置事件。
或者用委托事件的绑定方法，把单击事件委托给表格的父元素，如：

$(".table").parent().on("click", "tr",function(){
alert('123');
$("tr").removeClass("tr-click");
$(this).addClass("tr-click");
})