bigben446 2022-03-20 04:01 采纳率: 85.7%
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已结题

shell或python脚本批量处理txt文件

有一堆小文本文件,格式为:文件名.m8,其实就是txt文本文件。文件内,一行内容为一条信息,信息内容用tab隔开。

SRR329659.m8文件内容:

SRR329659.5585.1    XXXX    44.8    29    16    14    100    527    555    6.0e-07    35.4    VRRNFPHCMVFAYMDDVVLGAKSVEHLES    GTCCAAAGAGCCTTTCCCTCATGTCTTATATATCACTATATGGACGACATTCTCCTAGCCCATCCCAAACCAGAACAACTTGATTCA
SRR329659.40047.1    XXXX    39.3    28    17    87    4    529    556    5.1e-06    32.3    RNFPHCMVFAYMDDVVLGAKSVEHLESV    AAGTGAATCGAGTTGTTCTGGTTTGGGATGGGCTAGGAGAATGTTGTCCATATAGTGATATATAAGACATGAGGGAAAGGCTCT

现在想:
1,一个bash或者python脚本,提取每一行信息,转换为两行内容,第一行是第一段,且以>开头,第二行是12段。原来两行信息转换以后就变成4行信息。转换到新的文件,文件名.fasta。以上内容就变成:

SRR329659.fasta

>SRR329659.5585.1
VRRNFPHCMVFAYMDDVVLGAKSVEHLES
>SRR329659.40047.1
RNFPHCMVFAYMDDVVLGAKSVEHLESV

2,一个文件夹下有大量类似小文件,需要将这类文件批量转换,文件名.m8,转换成:文件名.fasta。bash或者python脚本输入一个文件夹位置1——里面是待转换文件,输出另外一个文件夹位置2——转换好的文件。
运行命令类似于 bash file-trans.sh 输入文件夹1 输出文件夹2

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