已经从txt文件里面读取出来五个dna序列了
for(int i=0;i<8;i++) {
int countA=0;
int countT=0;
int countG=0;
int countC=0; //每个位置循环过后要清零
for(int j=0;j<m;j++) {
//对每个序列每个位置上的字母进行统计
if(s[j].charAt(i)=='A') {
countA++;
}
if(s[j].charAt(i)=='T') {
countT++;
}
if(s[j].charAt(i)=='G') {
countG++;
}
if(s[j].charAt(i)=='C') {
countC++;
}
}
optimal+=max(countA,countG,countT,countC);
//输出字符串
}
System.out.println("the optimal sequence is:");
System.out.println(optimal);
}
private static char max(int countA, int countC, int countG, int countT) {
//比较每一位重复最多的字母 并返回字母
for(int k=0;k<4;k++) {
int a[]=new int[4];
a[0]=countA;
a[1]=countC;
a[2]=countG;
a[3]=countT;
int max=a[0];
for(int i=1;i<4;i++) {
if(a[i]>max) {
max=a[i];
}
}
if(max==countA) {
return 'A';
}
else if(max==countC) {
return 'C';
}
else if(max==countG) {
return 'G';
}
else if(max==countT) {
return 'T';
}
}
return ' ';
}
}