各位生信前辈 为什么对全外显子样本找cnv得出的结果图会比全基因的凌乱的很多 全是gain和loss 是我中间做错了什么步骤吗 有什么方法解决吗 请求大家指教 万分感谢
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- 2015-12-22 05:59回答 1 已采纳 解决了哈，原来是exe_thread.join()引起的，它导致一直要等到线程执行完，删掉就可以了
- 2019-03-22 14:11回答 1 已采纳 Unless you have a reason for using PrepareContext, you could just do this? db, err := sql.Open("p
- 2021-08-24 11:49回答 1 已采纳 俩种都有
- 2019-09-06 19:22生信修炼手册的博客 欢迎关注”生信修炼手册”!CNVkit是一款CNV预测软件，适用于全外显子，目的区域靶向测序等数据的CNV检测，官网如下https://cnvkit.readthedocs.io/en/...
- 2013-08-09 20:21回答 1 已采纳 This solved it! while ( ( $line = fgetcsv($handle, 0, $post_data['import_csv_separator']
- 2021-04-23 15:10weixin_39702639的博客 CNVkit是一款CNV预测软件，适用于全外显子，目的区域靶向测序等数据的CNV检测，官网如下https://cnvkit.readthedocs.io/en/stable/被很多高分文章引用， 示意如下 文章发表在PLos上，链接如下...
- 2022-04-17 21:00生信宝典的博客 临床外显子组测序分析中的那些坑（上）4.Exome CNV分析：参考对照组很早以前，人们就清楚WES还可以根据样本之间序列覆盖深度的差异来推断CNV。由于序列捕获和GC含量，单个目标的覆盖率偏差阻碍了外显子组之间覆盖...
- 2021-10-23 21:00生信宝典的博客 上接：外显子和基因组基本概念(一)（补）细胞周期（Cell cycle）：含间期（Interphase）与分裂期（即M期：Mitosis有丝分裂；Meiosis减数分裂）两个阶段。间期分为...
- 2022-04-17 21:00生信宝典的博客 大规模并行测序技术或下一代测序已成为基因诊断和研究的标准技术，尤其是外显子组和基因组测序现在已经在世界范围内广泛应用于患者的分子诊断。在过去几年中，许多实验室都在努力应对基于全新技术建立基因检测工作...
- 2020-12-10 21:25「已注销」的博客 1. 背景知识 1.1 生物背景 人类基因组、基因、外显子、内含子、CDS、UTR、中心法则 1.2 癌症背景 突变：SNP、SNV、CNV、SV、somatic mutations、germline mutations 癌症相关基因：原癌基因、抑癌基因 突变类型：...
- 2022-06-26 21:00生信宝典的博客 前文回顾1. GATK官方教程 / 概述及工作前的布置2.... GATK / 体细胞短变异检测工具Mutect2的使用Mutect2 -有或没有正常样本配对时，肿瘤体细胞变异检测结果对比Mutect2 - somatic variant calling wi...
- 2021-05-24 17:55我爱学生信@的博客 目前，CNV的检测原理主要可以分为五类：第一，基于成对read的PEM方法；第二，基于split read的PE方法；第三，基于read深度的RD方法；第四，基于组装的AS方法；第五，前四种方法的组和；其中，尤以基于RD方法的软件...
- 2019-09-04 19:44生信修炼手册的博客 欢迎关注”生信修炼手册”!excavator2是一款利用WES数据进行CNV分析的软件，其他同类软件通常只关注捕获的exon区域，而该软件则进行了延伸，将捕获区域划分为exon和非exo...
- 2019-09-05 19:31生信修炼手册的博客 欢迎关注”生信修炼手册”!相比全基因组，全外显子组只针对外显子区域进行测序，更加的经济高效。全外显子利用特定的芯片捕获外显子区域进行测序，在这个思想的基础上进一步延伸，如果只关注与疾病或...
- 2022-06-24 21:00生信宝典的博客 前文回顾1. GATK官方教程 / 概述及工作前的布置... GATK教程 / 变异检测前的数据预处理(如何)使用GATK4 Mutect2调用体细胞突变(How to) Call somatic mutations using GATK4 Mutect2·本教程适用于Mutect2版本4.1.1....
- 2020-07-31 14:02weixin_39900139的博客 这样预知结果的数据自然是不能放过了，本文尝试参考GATK Best Practice：Somatic SNVs + Indels ，Cnvkit，Manta的pipeline来完成满分流程分析，也可以使用标准数据反向判断GATK Mutect2的实际准确度,算法优劣。...
- 2022-06-20 21:40生信宝典的博客 GATK是基因组分析工具包，基于Linux环境，... GATK的研究范围现已扩大到包括体细胞短变体呼叫 (Somatic short variant calling)，并涉及拷贝数 (CNV)和结构变异 (SV)。 除了变异调用者 (Variant callers)本身之外，G...
- 2022-03-18 00:50心如止水-WTF的博客 GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以应用于其他的物种。GATK官网提供了一整套完整的变异检测分析流程：GATK Best Practices。如下图示： 其中，Haplotyp
- 2022-04-14 21:00生信宝典的博客 ClinVar数据库变异位点统计： 可见目前已收录的具有临床判读的变异大约100万个（人类全外显子序列总计约3000万个位点，ClinVar收录的约占3.3%）。ClinVar目前不包括来自GWAS研究的未经整理的数据集。 借助其它机构...
- 2022-04-20 06:18桓峰基因的博客 点击关注，桓峰基因 桓峰基因 生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你 78篇原创内容 公众号 前 言 随着癌症基因组学的进步，突变注释格式...
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