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LRJ-jonas
2022-05-29 09:47
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数据结构与算法
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分子对接构象搜索有哪些算法?
算法
分子对接软件中的构象采样算法有哪些?
分子对接的构象采样分为随机法、系统法、形状匹配法和模拟法,他们都包括哪些算法?
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16、遗传
算法
在
分子对接
中的应用
2025-06-29 21:10
星辰回声的博客
本文详细介绍了遗传
算法
在
分子对接
中的应用,涵盖其基本概念、具体步骤、实际案例以及优化策略。遗传
算法
通过模拟自然选择和进化过程,能够高效
搜索
巨大的
构象
空间,找到能量最优的结合模式,为药物设计和虚拟筛选...
43、优化药物发现:萤火虫群优化
算法
与机器学习助力
分子对接
2025-11-20 00:59
pink的博客
本文探讨了并行化萤火虫群优化
算法
(GSO)在
分子对接
中的应用,结合机器学习模型提升对接准确性。介绍了多种并行化策略如GPU加速、岛屿模型和混合CPU-GPU方法,并对比经典对接与机器学习方法的优劣。通过3×29数据集...
包含常见的
分子对接
安装包
2025-10-01 11:24
AutoDock是一个广泛使用的开源
分子对接
程序,它使用了基于遗传
算法
的优化技术来预测小分子与生物大分子结合的可能性。DOCK则采用了一种独特的匹配
算法
来分析小分子和蛋白质的结合特性。Glide则是一种在Schrodinger...
卷积神经网络
算法
分子对接
软件-gnina的编译安装
2024-02-01 23:18
Blockbuster_drug的博客
分子对接
通过计算预测小分子与受体结合时的
构象
。打分函数是任何
分子对接
流程的重要组成部分,因为它们决定了采样姿态的适应性。Gnina对接软件的1.0版本,使用卷积神经网络(CNN)作为评分函数。 Gnina 1.0探索了的...
Swiss Dock:免费的在线
分子对接
工具(支持两种对接
算法
切换)
2025-03-29 20:57
药研猿的博客
SwissDock是一款自2010年推出的免费
分子对接
网络服务,基于EADock DSS
算法
开发,用于预测靶标蛋白与小分子之间的相互作用。该平台致力于降低
分子对接
软件的使用门槛,使这一技术不仅限于传统的分子建模领域,还能...
diffdock:将扩散模型用于
分子对接
2023-03-19 01:23
贺俊宏的博客
基于深度学习中的扩散模型优化药物发现中的
分子对接
技术
21、基于结构的药物设计与
分子对接
技术
2025-07-15 17:18
cheese的博客
本博客探讨了基于结构的药物设计(SBDD)与
分子对接
技术在药物研发中的关键作用。通过具体案例,如抗结核药物异烟肼和抗炎药氟比洛芬的发现,以及针对COVID-19病毒Mpro蛋白的环肽抑制剂设计,展示了SBDD的实际应用。...
分子对接
与动力学技术[项目代码]
2025-11-25 08:39
分子对接
技术与分子动力学模拟是现代药物研发中不可或缺的两种计算机模拟技术。
分子对接
技术的核心在于模拟小分子配体与生物大分子(如蛋白质)的结合过程。这一技术能够有效地在计算机上重现分子间的相互作用,从而...
蛋白-小
分子对接
中受体结构的选取
2025-04-02 15:11
普美瑞生物前沿的博客
总之,受体结构的选择是
分子对接
中的关键步骤之一,一个合适的受体结构可以大大提高对接结果的准确性。故需要综合判断,选择最适合于当前研究的晶体结构。选择受体时,除了考虑其来源和质量外,还应进行必要的结构...
42、萤火虫群优化
算法
在
分子对接
中的应用与发展
2025-11-20 00:59
pink的博客
本文探讨了萤火虫群优化(GSO)
算法
在
分子对接
中的应用与发展,系统比较了GSO与AutoDock、Vina等传统对接方法的性能,结果显示GSO在RMSD、结合亲和力预测和富集因子等方面表现具有竞争力。研究还分析了群体大小、...
Nat Mach Intell | AI
分子对接
算法
评测
2025-03-03 19:24
计算生物前沿的博客
:含147个靶点,活性分子与真实实验验证的低活性分子(活性-非活性比例1:40),模拟高挑战性筛选场景(图a,c)。去除PDBbind重复数据后,AI工具成功率下降30%,而物理方法稳定,提示现有AI模型泛化能力不足。:...
11、
分子对接
评分函数比较与肿瘤数据多标准分析
2025-10-07 02:22
Star的博客
本文探讨了
分子对接
评分函数的比较研究与新冠疫情期间肿瘤患者数据的多标准分析。在
分子对接
研究中,通过InterCriteria分析(ICrA)评估了多种评分函数在不同蛋白质靶点上的性能,揭示了部分评分函数之间的一致性...
融合表面信息和等变扩散的
分子对接
模型 SurfDock - 评测
2025-01-01 22:22
DrugAutoPilot的博客
SurfDock 是一个融合表面信息和等变扩散的
分子对接
模型(口袋刚性),作者来自上海药物所郑明月课题组。SurfDock 模型包含了对接和打分模块,输出小分子的结合pose 及其 po se 的置信度打分。本文解读了 SurfDock ...
基于GSO
算法
的蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽和蛋白质-DNA对接框架_python_C++_代码_下载
2022-06-07 23:28
LightDock 是一个基于萤火虫群优化(GSO)
算法
的蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽和蛋白质-DNA 对接框架。 该框架是用 Python 编程语言(2.7 版)编写的,允许用户结合自己的评分功能。 LightDock 框架的通用性很强,有很...
9、
分子对接
与药物-受体相互作用
2025-06-29 21:09
星辰回声的博客
本文详细介绍了
分子对接
与药物-受体相互...此外,还阐述了基于结构和配体的虚拟筛选技术及其优缺点,并提出了
分子对接
与虚拟筛选结合的应用策略。最后展望了人工智能、量子计算等新技术在未来药物研发中的潜在应用。
GitHub_Trending/py/pytudes药物研发:
分子对接
与药物筛选
算法
2025-10-02 06:42
井章博Church的博客
虽然该项目主要面向
算法
练习,但其中部分代码结构和
算法
思想可应用于药物研发领域,特别是
分子对接
(Molecular Docking)和药物筛选(Drug Screening)等关键环节。 ##
分子对接
算法
基础
分子对接
是药物研发中...
20、
分子对接
在HydA1与PetF相互作用研究中的应用
2025-06-29 02:38
辣条鉴定师的博客
本研究利用
分子对接
技术,系统分析了绿藻Chlamydomonas reinhardtii中[FeFe]氢化酶HydA1与其电子供体PetF之间的相互作用。通过Hex 5.1软件进行蛋白质对接实验,评估其结合模式、相互作用能量及关键氨基酸残基,并与...
ECD和
分子对接
在生物大分子与手性分子相互作用研究中的应用
2024-04-18 10:03
Yinfo_Tek的博客
手性农药对映体以镜像形式存在,具有相似的元素和结构,但可能在环境中表现出不同的行为、生物活性、毒性和代谢特征。传统方法在评估手性化合物的危害性时,将其视为外消旋体是不全面和不准确的,使用生物活性更高、...
40、优化药物发现:基于萤火虫群
算法
的
分子对接
研究
2025-11-20 00:59
pink的博客
本文探讨了基于萤火虫群优化(GSO)
算法
在
分子对接
中的应用,利用3 × 29数据集进行
算法
实现与性能评估。通过数据预处理、探索性数据分析及GSO
算法
优化,提升了对接的准确性与收敛性。研究还集成了机器学习模型以...
22、药物设计中的
分子对接
与动力学模拟技术
2025-07-15 17:18
cheese的博客
本文详细介绍了药物设计中
分子对接
与分子动力学(MD)模拟的核心技术及其应用。从
分子对接
的操作步骤到MD模拟的原理、常用软件及结合自由能计算方法,全面阐述了这些技术如何帮助理解配体与受体的相互作用,并加速新...
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6月6日
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创建了问题
5月29日