huiyiiiiii 2022-07-20 11:37 采纳率: 50%
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已结题

LDSC-SEG分析失败

问题遇到的现象和发生背景

LDSC-SEG分析中,清洗数据已经完成,第二步,进行LDSC-SEG时报错

问题相关代码,请勿粘贴截图
python ~/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldsc.py --h2-cts test.sumstats.gz --ref-ld-chr 1000G_EUR_Phase3_baseline/baseline. --out TEST_${cts_name} --ref-ld-chr-cts $cts_name.ldcts --w-ld-chr weights_hm3_no_hla/weights

运行结果及报错内容
Reading reference panel LD Score from 1000G_EUR_Phase3_baseline/baseline.[1-22] ... (ldscore_fromlist)
Traceback (most recent call last):
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldsc.py", line 646, in <module>
    sumstats.cell_type_specific(args, log)
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldscore/sumstats.py", line 263, in cell_type_specific
    _read_ld_sumstats(args, log, args.h2_cts)
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldscore/sumstats.py", line 243, in _read_ld_sumstats
    ref_ld = _read_ref_ld(args, log)
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldscore/sumstats.py", line 82, in _read_ref_ld
    'reference panel LD Score', ps.ldscore_fromlist)
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldscore/sumstats.py", line 152, in _read_chr_split_files
    out = parsefunc(_splitp(chr_arg), _N_CHR, **kwargs)
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldscore/parse.py", line 103, in ldscore_fromlist
    y = ldscore(fh, num)
  File "/zzzzzzz/ldsc/ldsc/ldscore/parse.py", line 155, in ldscore
    x = x.sort_values(by=['CHR', 'BP']) # SEs will be wrong unless sorted
  File "/miniconda3/envs/ldsc/lib/python2.7/site-packages/pandas/core/frame.py", line 4729, in sort_values
    verify=False)
  File "/miniconda3/envs/ldsc/lib/python2.7/site-packages/pandas/core/internals/managers.py", line 1350, in take
    axis=axis, allow_dups=True)
  File "/miniconda3/envs/ldsc/lib/python2.7/site-packages/pandas/core/internals/managers.py", line 1235, in reindex_indexer
    for blk in self.blocks]
  File "/miniconda3/envs/ldsc/lib/python2.7/site-packages/pandas/core/internals/blocks.py", line 1238, in take_nd
    allow_fill=True, fill_value=fill_value)
  File "/miniconda3/envs/ldsc/lib/python2.7/site-packages/pandas/core/algorithms.py", line 1651, in take_nd
    out = np.empty(out_shape, dtype=dtype)
MemoryError

我的解答思路和尝试过的方法

不知道问题出在哪里,尝试搜索也没有找到,代码是GitHub上下载的,应该没有问题,怀疑问题出在配置或者指令上。

我想要达到的结果

成功执行该语句

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