python处理bed文件

Question

处理bed文件，把第四列内容拆分提取出来
存放在字典里，
并输出为txt或者json文件
字典名为patient_genename
例子：ENSG00000186092:OR4F5处理为patient_genename['ENSG00000186092']='OR4F5'

Answer 1

各个列是用制表符分隔的吗？试试下面的可不可以：

import pandas as pd

patient_genename = {}
df = pd.read_csv('file.bed', sep='\t', header=None)
for item in df[3]:
    kv = item.split(':')
    patient_genename[kv[0]] = kv[1]