沉香gege(不吃鸡肉版) 2022-10-26 21:55 采纳率: 0%
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Liunx系统下Hisat2进行比对时报错如下,如何解决?(操作系统-linux)

转录组分析时hisat2进行比对报错
1、这个是我输入的比对命令

~/biosoft/hista2/bin/hisat2 -p 2 --dta -x../rnaseq_study/arabidopsis_genome/index/tair10 -U../rnaseq_study/fastqdata/fastx_results/SRRxxxxxx_filtered.fastq -S SRRxxxxxx.sam &

2、运行结果及报错内容

Warning: Could not open read file "../rnaseq_study/fastqdata/fastx_results/SRRxxxxxx_filtered.fastq" for reading; skipping...
Error: No input read files were valid
(ERR): hisat2-align exited with value 1

3、我的解答思路和尝试过的方法
尝试过检查我的fastq文件的完整性,使用md5sum进行命令如下:

md5sum SRRxxxxxx_filtered.fastq > SRRxxxxxx.md5
md5sum -c SRRxxxxxx.md5

反馈结果显示的是OK:

SRRxxxxxx_filtered.fastq: OK

不知道是哪里出了问题了,希望万能的网友帮忙解答一下。谢谢大家!

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  • 凯歌响起 2022-11-01 10:34
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    ~/biosoft/hista2/bin/hisat2 -p 2 --dta -x ../rnaseq_study/arabidopsis_genome/index/tair10 -U ../rnaseq_study/fastqdata/fastx_results/SRRxxxxxx_filtered.fastq -S SRRxxxxxx.sam & 参数后面需要空格

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  • 创建了问题 10月26日