对方正在长头发722 2022-12-07 00:56 采纳率: 100%
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有友友会安装paml嘛求远程知道 程序小白 有偿!

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  • JarodYv 人工智能领域新星创作者 2022-12-07 18:44
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    下载paml4.9j.tgz并保存在您的本地磁盘上。(请确保使用正确的文件保存文件 名字。如果 Internet Explorer 将文件扩展名更改为 .gz,则应该在双击之前将其改回 .tgz)。解压存档到一个文件夹中。记住名字文件夹。Windows 可执行文件位于 paml4.9j/bin/ 中。我建议您为本地程序创建一个文件夹并移动 PAML 可执行文件在那里。以下是执行此操作的一些注意事项。

    设置本地程序文件夹并更改搜索路径。您只需为用户帐户执行此操作一次。假设您的用户文件夹为 C:\Users\Ziheng。[请用您自己的替换它 以下示例中的用户文件夹。这是默认用户 文件夹为我在 Vista 或 Windows 7 上。在Windows XP上,它更多 笨拙的是,类似于C:\Documents and Settings\Ziheng。用 Windows 资源管理器,用于在用户内部创建名为 bin 的文件夹 文件夹,即 C:\Users\Ziheng\bin。或者如果你PC的所有者,您可能更喜欢文件夹 C:\bin。无论如何,这是文件夹 持有可执行程序。

    接下来,我们将此文件夹添加到搜索路径中,操作系统 用于搜索可执行程序。以下是适用于视窗的 前景。Win 2000/XP 上的菜单可能略有不同,但您 找到你的路应该没有问题。打开控制面板。选择 经典视图。双击系统。选择高级系统 设置,然后单击选项卡 高级.点击按钮 环境变量。在“用户变量”下,双击 变量 要编辑的路径。单击“变量值”字段并移动 光标指向开头。插入程序文件夹的名称 C:\Users\Ziheng\bin;或 C:\bin;或您创建的任何文件夹。 请注意,分号分隔文件夹名称。小心不要 引入任何错误。单击确定。

    复制 PAML 可执行文件。 复制或移动预编译的可执行文件(baseml.exe,codeml.exe, evolver.exe、CHI2.exe等)从 paml4.9j\bin\ 文件夹到 本地程序文件夹 C:\Users\Ziheng\bin\。在此之后,您可以 无论您身在何处,都可以从命令提示符执行这些程序中的任何一个。 如果你愿意,你可以将baseml.exe和codeml.exe重命名为baseml4.exe 和 codeml4.exe分别包含版本号。(你 然后,将通过命令 codeml4 而不是 codeml 运行程序。

    您还可以将下载到的其他命令行程序复制到 此文件夹,例如 mb、RAxML、PhyML 程序。

    运行 PAML 程序。避免从 Windows 资源管理器中双击程序名称。那 程序时不会在屏幕上看到任何错误消息的方式 崩溃。而是启动“命令提示符”框。例如,开始 - 程序 - 附件 - 命令提示符)。或启动 - 运行 - 类型 cmd 和好的。您可以右键单击标题栏并选择属性以 更改窗口的大小、字体、颜色。CD 到文件夹 包含您的用户文件,然后键入命令名称。在这里,我们 cd 到 PAML 文件夹(假设您已将存档解压缩到 C:\Programs\paml4.9j\) 并使用默认文件运行程序。

    C:
    cd \Programs\paml4.9j
    codeml
    因为没有称为 codeml 的可执行文件.exe(或 Codeml.bat等)在您当前的文件夹中,操作系统将在 环境变量路径中列出的文件夹。它会找到和 在 C:\Users\Ziheng\Bin 文件夹中执行 codeml.exe。你也可以 指定可执行程序的完整路径,如下所示 以下内容:

    C:\Programs\paml4.9j\bin\codeml
    一些codeml分析使用氨基酸距离(例如, 格兰瑟姆.dat)或替代率矩阵(例如,wag.dat)。你会 然后需要将必要的文件复制到当前文件夹。 否则,程序将要求您输入 文件。

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