有友友会安装paml嘛求远程知道 程序小白 有偿!

Question

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Answer 1

下载paml4.9j.tgz并保存在您的本地磁盘上。（请确保使用正确的文件保存文件 名字。如果 Internet Explorer 将文件扩展名更改为 .gz，则应该在双击之前将其改回 .tgz）。解压存档到一个文件夹中。记住名字文件夹。Windows 可执行文件位于 paml4.9j/bin/ 中。我建议您为本地程序创建一个文件夹并移动 PAML 可执行文件在那里。以下是执行此操作的一些注意事项。

设置本地程序文件夹并更改搜索路径。您只需为用户帐户执行此操作一次。假设您的用户文件夹为 C:\Users\Ziheng。[请用您自己的替换它 以下示例中的用户文件夹。这是默认用户 文件夹为我在 Vista 或 Windows 7 上。在Windows XP上，它更多 笨拙的是，类似于C:\Documents and Settings\Ziheng。用 Windows 资源管理器，用于在用户内部创建名为 bin 的文件夹 文件夹，即 C:\Users\Ziheng\bin。或者如果你PC的所有者，您可能更喜欢文件夹 C:\bin。无论如何，这是文件夹 持有可执行程序。

接下来，我们将此文件夹添加到搜索路径中，操作系统 用于搜索可执行程序。以下是适用于视窗的 前景。Win 2000/XP 上的菜单可能略有不同，但您 找到你的路应该没有问题。打开控制面板。选择 经典视图。双击系统。选择高级系统 设置，然后单击选项卡 高级.点击按钮 环境变量。在“用户变量”下，双击 变量 要编辑的路径。单击“变量值”字段并移动 光标指向开头。插入程序文件夹的名称 C:\Users\Ziheng\bin;或 C:\bin;或您创建的任何文件夹。 请注意，分号分隔文件夹名称。小心不要 引入任何错误。单击确定。

复制 PAML 可执行文件。 复制或移动预编译的可执行文件（baseml.exe，codeml.exe， evolver.exe、CHI2.exe等）从 paml4.9j\bin\ 文件夹到 本地程序文件夹 C:\Users\Ziheng\bin\。在此之后，您可以 无论您身在何处，都可以从命令提示符执行这些程序中的任何一个。 如果你愿意，你可以将baseml.exe和codeml.exe重命名为baseml4.exe 和 codeml4.exe分别包含版本号。（你 然后，将通过命令 codeml4 而不是 codeml 运行程序。

您还可以将下载到的其他命令行程序复制到 此文件夹，例如 mb、RAxML、PhyML 程序。

运行 PAML 程序。避免从 Windows 资源管理器中双击程序名称。那 程序时不会在屏幕上看到任何错误消息的方式 崩溃。而是启动“命令提示符”框。例如，开始 - 程序 - 附件 - 命令提示符）。或启动 - 运行 - 类型 cmd 和好的。您可以右键单击标题栏并选择属性以 更改窗口的大小、字体、颜色。CD 到文件夹 包含您的用户文件，然后键入命令名称。在这里，我们 cd 到 PAML 文件夹（假设您已将存档解压缩到 C：\Programs\paml4.9j\） 并使用默认文件运行程序。

C:
cd \Programs\paml4.9j
codeml
因为没有称为 codeml 的可执行文件.exe（或 Codeml.bat等）在您当前的文件夹中，操作系统将在 环境变量路径中列出的文件夹。它会找到和 在 C：\Users\Ziheng\Bin 文件夹中执行 codeml.exe。你也可以 指定可执行程序的完整路径，如下所示 以下内容：

C:\Programs\paml4.9j\bin\codeml
一些codeml分析使用氨基酸距离（例如， 格兰瑟姆.dat）或替代率矩阵（例如，wag.dat）。你会 然后需要将必要的文件复制到当前文件夹。 否则，程序将要求您输入 文件。