python文件中标记特定字符串位置并写入新文件

Question

原题目是先将a,g替换为r，再将c,t转化为y以后，将rr,yy的出现位置，以及rr,yy出现位置的平均值写入一个新文件。
eg
S=AAGCTTATAGGCCCT → S1=RRRYYYRYRRRYYYY
RR 出现的位置：[1, 2, 9, 10]
YY 出现的位置：[4, 5, 12, 13, 14］
RR出现位置的平均值：
YY出现位置的平均值：
该如何标记RR和YY的位置（并且这里输出的位置标号是指从1开始而不是索引号0开始）

Answer 1

s = 'AAGCTTATAGGCCCT'
s1 = s.replace('A', 'R').replace('G', 'R').replace('C', 'Y').replace('T', 'Y')

rr = []
yy = []
for index in range(len(s1)):
    if s1[index:index+2] == 'RR':
        rr.append(index+1)
    if s1[index:index+2] == 'YY':
        yy.append(index+1)
print(rr, yy)