RNA-seq在subread比对时提示不能找到gene identifie 同时输出的txt文件格式混乱

Question

我在利用subread软件进行counts数计算的时候报了warning，但程序还能继续运行
导出txt文件后发现里面很乱，所有的结果都混在一行
想请教是哪一步出问题了 非常感谢

```shell
下面是使用的代码
/usr/bin/biosoft/subread-1.6.1-source/bin/featureCounts -T 10 -p -t exon -g gene_id -a /omics/stu496/mouse/mus/mus.gtf -o mutant_1_unique.txt mutant_1_unique.bam
/omics/stu496/mouse/mus/mus.gtf是之前在ncbi上下载的gff文件
mutant_1_unique.bam是用tophat对fastq文件比对后的bam文件

``

Answer 1

1、警告信息 "Unable to find gene identifier for a feature" 表示 Subread 在处理 GTF 文件时无法找到 gene_id 属性，也就是说你使用的 GTF 文件中缺少了 gene_id 列。这可能是 GTF 文件格式有问题，或者你使用的 GTF 文件版本与 Subread 软件不兼容。建议检查 GTF 文件是否有语法错误，或者尝试使用不同的 GTF 文件或 Subread 版本重新进行分析。

2、如果导出的 txt 文件内容混乱，可能是因为 featureCounts 工具在输出结果时出现了问题。建议检查 featureCounts 工具的输出格式是否有误，或者尝试使用其他工具（例如 HTSeq）来进行基因组计数。

3、还有一些其他可能的原因，也可能导致类似的问题：

①GTF 文件的路径不正确，featureCounts 工具无法找到 GTF 文件
②GTF 文件格式不正确，导致 featureCounts 工具无法正常解析
③bam 文件格式不正确，导致 featureCounts 工具无法正常读取
④其他软件问题，例如 Subread 版本问题、操作系统问题等