CADD菜鸟 2023-01-13 18:54 采纳率: 25%
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gromacs计算过程出错

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在用gromacs计算动力学时,nvt预平衡过程出现了图片中的错误,需要怎么解决?

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  • heart_6662 2023-01-14 01:44
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    这可能是由于初始温度设置过高或者温度控制参数设置不当导致的。

    解决这个问题的方法之一是降低初始温度,并适当调整温度控制参数(如温度增量 time step)。还可以检查预平衡过程中的能量变化情况,确保能量随时间稳定变化。

    另外,如果系统中有高能量高活性的分子(如氧化剂),应该预先考虑并进行特殊处理,以避免爆炸问题。

    可以增加温度控制的阻尼系数,防止温度过快的上升

    建议还可以使用其他的温度控制方法,例如NPT,这样可以避免爆炸的问题。

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