已知二聚体结合位点怎么将单体蛋白改造为二聚体呢

Question

请问下各位，我手上只有一个单体蛋白的pdb，但是蛋白是二聚体时进行作用，

能用pymol改造为二聚体吗，或者有其他方法吗

Answer 1

该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
是可以使用pymol将单体蛋白的pdb文件构建成二聚体的，方法如下：

1.打开单体蛋白的pdb文件，可以在pymol的菜单栏中选择File -> Open，或者使用命令行加载pdb文件。

2.在pymol的命令行中输入symexp命令，用于生成二聚体结构。例如，如果蛋白是一个对称的二聚体，可以输入如下命令：

symexp sym, pdb_object, 2, 180, 1

其中，sym是对称操作的名称，pdb_object是单体蛋白的pdb文件对象名称，2表示对称操作的次数（对称二聚体有两个对称操作），180表示旋转角度，1表示是否翻转。

3.使用align命令对单体和二聚体进行结构对齐。可以在命令行中输入如下命令：

align pdb_object2 and chain A, pdb_object and chain A

其中，pdb_object2是生成的二聚体pdb文件对象名称，pdb_object是单体pdb文件对象名称，chain A表示链的名称。

4.将生成的二聚体结构保存为新的pdb文件。可以在菜单栏中选择File -> Save，或者使用命令行保存pdb文件。

需要注意的是，生成的二聚体结构可能需要进行进一步的优化和修正，以确保结构正确。可以使用pymol或其他分子模拟软件进行结构优化。