kraken2报错提问

Question

kraken2报错

nohup parallel -j 4 \
'kraken2 --db /db/kraken2 --paired meta/temp/qc/{1}_1_kneaddata_paired*.fastq \
  --threads 4  --use-names --use-mpa-style --report-zero-counts \
  --report meta/temp/kraken2/{1}_report \
  --output meta/temp/kraken2/{1}_output' \
::: `tail -n+2 meta/result/design.txt | cut -f 1` &>kraken2.log &

报错
kraken2: database ("/db/kraken2") does not contain necessary file taxo.k2d
/db/kraken2目录我确定有taxo.k2d这个文件

Answer 1

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：
这个错误提示表明kraken2无法找到所需的taxo.k2d文件。可能有几个原因导致该错误发生：

1. 数据库路径不正确：请确保/db/kraken2路径是包含数据库文件的正确路径。您可以手动检查该路径是否存在，并确认其中是否包含taxo.k2d文件。

2. 数据库文件缺失：如果您确定数据库路径正确，那么问题可能出在数据库文件本身。请确保taxo.k2d文件存在并位于数据库路径下。您可以尝试使用绝对路径来指定数据库文件的完整路径，以确保引用正确的文件。

3. 数据库文件损坏：如果数据库文件存在但仍然出现错误，可能是数据库文件本身损坏了。您可以尝试重新下载或重新生成数据库文件，然后再次运行kraken2。

请在检查以上可能原因后再次尝试运行kraken2，并确保数据库文件的路径和完整性正确。如果问题仍然存在，请提供更多详细信息，以便更好地帮助您解决问题。