LHB_SCZ 2023-03-13 09:29 采纳率: 20%
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已结题

lammps做蒙特卡洛在你们判断收敛?

我想用lammps的GCMC得到一个随机构型,如图

img

lammps的GCMC运行,好像是会不断的插入和删除/移动,直到最优构型,那么我怎么判断是不是得到了最优构型呢,有什么判断标准吗?
以下是我的in文件(根据example改的)


```c++
############### variables modifiable using -var command line switch ###############

variable        mu index -1.25
variable        temp index 1.0
variable    disp index 1.0
variable        lbox index 6.0

############### global model settings ###############

units           lj
atom_style      atomic
pair_style      lj/cut 0.75 
#pair_modify    tail no # turn of to avoid triggering full_energy

############### box ###############

region        box block 0 ${lbox} 0 ${lbox} 0 ${lbox}
create_box    1 box

############### lj parameters ###############

pair_coeff    * * 0.12 0.5
mass        * 0.072

############### we recommend setting up a dedicated group for gcmc

group        gcmcgroup type 1

############### gcmc ###############

fix             mygcmc gcmcgroup gcmc 10 60 60 1 29494 ${temp} ${mu} ${disp} #pressure 0.003

############### 计算原子数目 ###############

variable     type1 atom "type==1"
group         type1 dynamic gcmcgroup var type1 #设置动态组,变量是原子类型(type1)
variable        n1 equal count(type1)   #type1的数量

############### 使用fix_ave/time每隔一段时间求一次平均值 ###############

variable    rho equal density #数密度
variable    p equal press #压力
variable    nugget equal 1.0e-8 #为什么要给个极小数?
variable        lambda equal 1.0 #热德布罗意波长,对于lj单位取 1
variable         muex equal ${mu}-${temp}*ln(density*${lambda}+${nugget}) # 由上面定义的4个量求相互作用产生的额外的化学势
fix         ave all ave/time 10 100 1000 v_rho v_p v_muex v_n1 ave one file rho_vs_p.dat#输出密度、压力、相互作用产生的额外的化学势、原子数
variable    rhoav equal f_ave[1] #由fix_ave/time计算的第一个值,即密度,以下同理
variable    pav equal f_ave[2]   #压力
variable    muexav equal f_ave[3]#额外的化学势
variable    n1av equal f_ave[4]   #原子数

############### 输出 ###############
#fix_gcmc得到八个量,可计算可输出
# 1 = translation attempts平移尝试
# 2 = translation successes平移成功
# 3 = insertion attempts插入尝试
# 4 = insertion successes插入成功
# 5 = deletion attempts删除尝试
# 6 = deletion successes删除成功
# 7 = rotation attempts旋转尝试
# 8 = rotation successes旋转成功

variable    tacc equal f_mygcmc[2]/(f_mygcmc[1]+${nugget})
variable    iacc equal f_mygcmc[4]/(f_mygcmc[3]+${nugget})
variable    dacc equal f_mygcmc[6]/(f_mygcmc[5]+${nugget})
compute_modify  thermo_temp dynamic yes
thermo_style    custom step temp press pe ke density atoms v_iacc v_dacc v_tacc v_rhoav v_pav v_muexav v_n1av
thermo          1000

############### run ###############
dump            1 all custom 100 dump.xyz id type x y z vx vy vz fx fy fz
run             10000

以下是计算结果
# Time-averaged data for fix ave
# TimeStep v_rho v_p v_muex v_n1
1000 0.0195533 0.279709 2.69702 58.66
2000 0.01948 0.284122 2.69335 58.44
3000 0.0180433 0.255588 2.77711 54.13
4000 0.0190367 0.278495 2.71846 57.11
5000 0.0185233 0.273242 2.75081 55.57
6000 0.0189633 0.272458 2.7223 56.89
7000 0.0189 0.278767 2.72621 56.7
8000 0.0195367 0.289686 2.69182 58.61
9000 0.01891 0.271504 2.72749 56.73
10000 0.0188167 0.283581 2.7311 56.45

  • 写回答

7条回答 默认 最新

  • Treabhar 2023-03-13 09:36
    关注

    基于GPT的解答
    在GCMC模拟中,通常需要判断模拟是否已经收敛到最优构型,这是一个比较棘手的问题。有一些可能的指标可以用于判断模拟是否已经收敛到最优构型,但这些指标并不是绝对可靠的。

    一些可能的指标包括:

    1.系统的能量是否稳定。随着模拟的进行,系统的能量应该趋于稳定,如果能量在一个相对较小的时间段内不再变化,可能表示系统已经收敛到了最优构型。

    2.系统的密度和压力是否稳定。如果系统的密度和压力在一个相对较小的时间段内不再变化,可能表示系统已经收敛到了最优构型。

    3.系统的配位数是否稳定。如果系统的配位数在一个相对较小的时间段内不再变化,可能表示系统已经收敛到了最优构型。

    4.Radial distribution function (RDF) 是否稳定。RDF反映了不同原子之间的距离分布,如果RDF在一个相对较小的时间段内不再变化,可能表示系统已经收敛到了最优构型。

    5.分子间距离是否稳定。如果分子间距离在一个相对较小的时间段内不再变化,可能表示系统已经收敛到了最优构型。

    需要注意的是,这些指标并不是绝对可靠的,而且不同系统的最优构型可能不同。在实践中,可能需要使用多个指标来判断模拟是否已经收敛到了最优构型,并进行交叉验证。回答不易,希望采纳。

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