我想用lammps的GCMC得到一个随机构型,如图
lammps的GCMC运行,好像是会不断的插入和删除/移动,直到最优构型,那么我怎么判断是不是得到了最优构型呢,有什么判断标准吗?
以下是我的in文件(根据example改的)
```c++
############### variables modifiable using -var command line switch ###############
variable mu index -1.25
variable temp index 1.0
variable disp index 1.0
variable lbox index 6.0
############### global model settings ###############
units lj
atom_style atomic
pair_style lj/cut 0.75
#pair_modify tail no # turn of to avoid triggering full_energy
############### box ###############
region box block 0 ${lbox} 0 ${lbox} 0 ${lbox}
create_box 1 box
############### lj parameters ###############
pair_coeff * * 0.12 0.5
mass * 0.072
############### we recommend setting up a dedicated group for gcmc
group gcmcgroup type 1
############### gcmc ###############
fix mygcmc gcmcgroup gcmc 10 60 60 1 29494 ${temp} ${mu} ${disp} #pressure 0.003
############### 计算原子数目 ###############
variable type1 atom "type==1"
group type1 dynamic gcmcgroup var type1 #设置动态组,变量是原子类型(type1)
variable n1 equal count(type1) #type1的数量
############### 使用fix_ave/time每隔一段时间求一次平均值 ###############
variable rho equal density #数密度
variable p equal press #压力
variable nugget equal 1.0e-8 #为什么要给个极小数?
variable lambda equal 1.0 #热德布罗意波长,对于lj单位取 1
variable muex equal ${mu}-${temp}*ln(density*${lambda}+${nugget}) # 由上面定义的4个量求相互作用产生的额外的化学势
fix ave all ave/time 10 100 1000 v_rho v_p v_muex v_n1 ave one file rho_vs_p.dat#输出密度、压力、相互作用产生的额外的化学势、原子数
variable rhoav equal f_ave[1] #由fix_ave/time计算的第一个值,即密度,以下同理
variable pav equal f_ave[2] #压力
variable muexav equal f_ave[3]#额外的化学势
variable n1av equal f_ave[4] #原子数
############### 输出 ###############
#fix_gcmc得到八个量,可计算可输出
# 1 = translation attempts平移尝试
# 2 = translation successes平移成功
# 3 = insertion attempts插入尝试
# 4 = insertion successes插入成功
# 5 = deletion attempts删除尝试
# 6 = deletion successes删除成功
# 7 = rotation attempts旋转尝试
# 8 = rotation successes旋转成功
variable tacc equal f_mygcmc[2]/(f_mygcmc[1]+${nugget})
variable iacc equal f_mygcmc[4]/(f_mygcmc[3]+${nugget})
variable dacc equal f_mygcmc[6]/(f_mygcmc[5]+${nugget})
compute_modify thermo_temp dynamic yes
thermo_style custom step temp press pe ke density atoms v_iacc v_dacc v_tacc v_rhoav v_pav v_muexav v_n1av
thermo 1000
############### run ###############
dump 1 all custom 100 dump.xyz id type x y z vx vy vz fx fy fz
run 10000
以下是计算结果
# Time-averaged data for fix ave
# TimeStep v_rho v_p v_muex v_n1
1000 0.0195533 0.279709 2.69702 58.66
2000 0.01948 0.284122 2.69335 58.44
3000 0.0180433 0.255588 2.77711 54.13
4000 0.0190367 0.278495 2.71846 57.11
5000 0.0185233 0.273242 2.75081 55.57
6000 0.0189633 0.272458 2.7223 56.89
7000 0.0189 0.278767 2.72621 56.7
8000 0.0195367 0.289686 2.69182 58.61
9000 0.01891 0.271504 2.72749 56.73
10000 0.0188167 0.283581 2.7311 56.45