我先用lammps的GCMC构建了两个珠子，现在我想计算两个珠子在重叠一定的距离之后，重叠部分原子之间的势能，所有的原子都固定不动。
下面是示意图
1.** 请问应该用lammps的哪些命令呢**？
最重要的就是不想涉及重叠部分意外的原子，或者是直接把重叠部分外的原子删掉？
我本来想用compute group/group计算，把两个珠子各看成一个group，但是对截断距离的设置把握不准，因为截断距离设置大了就避免不了计算重叠区域以外的原子。
还有就是LJ里的σ和原子的直径是不是相等的啊，如果不是，他俩有什么关联吗？
截断距离一般取多大合适呢？
下面是我现在的in文件，总觉得有问题
#用LJ势能计算重叠势
#只计算两个group之间的势能，同一个group的不计算：compute ID group1-ID group/group group2-ID
#所有原子都冻结 fix ID group-ID freeze
units lj
dimension 3
boundary p p p
atom_style atomic
neighbor 0.2 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
read_data model.data
pair_style lj/cut 0.85#1.5
pair_coeff * * 0.12 0.5
group bead1 type 1
group bead2 type 2
fix FREEZE all setforce 0.0 0.0 0.0
fix 1 all nve
compute overlay bead1 group/group bead2
thermo 100
thermo_style custom step c_overlay c_overlay[1] c_overlay[2] c_overlay[3]
#c_overlay是总能量，其他三个是力
timestep 0.001
dump 1 all custom 100 dump_1.5.xyz id type x y z vx vy vz fx fy fz
run 10000
