怎么用lammps计算重叠势？

Question

我先用lammps的GCMC构建了两个珠子，现在我想计算两个珠子在重叠一定的距离之后，重叠部分原子之间的势能，所有的原子都固定不动。
下面是示意图

1.** 请问应该用lammps的哪些命令呢**？

• 最重要的就是不想涉及重叠部分意外的原子，或者是直接把重叠部分外的原子删掉？

• 我本来想用compute group/group计算，把两个珠子各看成一个group，但是对截断距离的设置把握不准，因为截断距离设置大了就避免不了计算重叠区域以外的原子。

1. 还有就是LJ里的σ和原子的直径是不是相等的啊，如果不是，他俩有什么关联吗？

2. 截断距离一般取多大合适呢？
   下面是我现在的in文件，总觉得有问题

#用LJ势能计算重叠势
#只计算两个group之间的势能，同一个group的不计算：compute ID group1-ID group/group group2-ID
#所有原子都冻结 fix ID group-ID freeze

units lj 
dimension 3
boundary p p p
atom_style atomic

neighbor        0.2 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes

read_data model.data

pair_style      lj/cut 0.85#1.5 
pair_coeff    * * 0.12 0.5

group bead1 type 1
group bead2 type 2

fix   FREEZE all setforce 0.0 0.0 0.0
fix   1 all nve

compute     overlay bead1 group/group bead2
thermo        100
thermo_style    custom  step  c_overlay c_overlay[1] c_overlay[2] c_overlay[3]
#c_overlay是总能量，其他三个是力
 
timestep    0.001

dump        1 all custom 100 dump_1.5.xyz id type x y z vx vy vz fx fy fz
run        10000

Answer 1

参考下这里

https://blog.51cto.com/u_15478372/5342499

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