bracken-build报错

Question

bracken报错

运行nohup bracken-build -d ~/db/kraken2-1 -t 8 -k 35 -l 150 &>bracken-build1.log &
在最后一步时报错    
>>STEP 4: CONVERTING KMER MAPPINGS INTO READ CLASSIFICATIONS:
        150mers, with a database built using 35mers
        0 sequences converted.../gdata01/user/zhanggh/miniconda3/envs/zshmeta2/bin/bracken-build: line 166: 12493 Segmentation fault      kmer2read_distr --seqid2taxid $DATABASE/seqid2taxid.map --taxonomy $DATABASE/taxonomy/ --kraken $DATABASE/database.kraken --output $DATABASE/database${READ_LEN}mers.kraken -k ${KMER_LEN} -l ${READ_LEN} -t ${THREADS}

Answer 1

参考GPT和自己的思路：

根据你提供的错误信息和命令，这个问题可能是由于内存不足或其他原因导致了进程崩溃。您可以尝试以下几种解决方法：

1. 确保系统有足够的可用内存和硬盘空间。试着停止其他占用大量内存的进程，并清理临时文件以释放磁盘空间。

2. 尝试减小“-t”参数的数值。这个参数表示用多少个线程来运行程序，过多的线程可能导致内存压力增大。

3. 升级kmer2read_distr工具到最新版本，以解决可能的bug。

4. 将“-k”参数设为更小的值，例如30或25。通过减小Kmer大小，可以减小内存占用。

5. 将“-l”参数设置为更小的150值，以减少内存使用率。

如果以上解决方法都没有解决问题，建议尝试联系bracken-build的开发团队以获取帮助和支持。