Kraken2建立NT库卡死

Question

问题遇到的现象和发生背景

Kraken2 在建立NT数据库时长时间无响应

操作环境、软件版本等信息

kraken version 2.1.2

尝试过的解决方法

设想将程序kill然后启用--fast-buid参数，但其描述显示可能会增加不确定性

我想要达到的结果

请问--fast-build参数的添加是否会对下游分析造成影响？

Answer 1

确保你的计算机有足够的RAM和CPU资源，建议使用具有至少32GB RAM和16个CPU核心的计算机。

尝试增加线程数。使用Kraken2时，可以通过--threads参数指定使用的线程数。可以尝试增加线程数以加快建库速度。

尝试使用更小的输入文件。如果输入文件太大，Kraken2建立NT库的过程可能会非常慢。可以尝试使用更小的输入文件。

检查输入文件的格式。Kraken2要求输入文件以FASTA或FASTQ格式提供。如果输入文件格式不正确，Kraken2可能会出现卡死的情况。

尝试使用Kraken2的--use-mpa-style参数。这个参数可以加快Kraken2建库的速度。

如果以上方法都没有解决问题，可以尝试使用其他工具来建立NT库，例如DIAMOND和MEGAN。这些工具可以用于建立自己的NT库，并且可能比Kraken2更快和更稳定。